神水宫是江湖中的传说，它从来不参与江湖纷争，亦没有人知道它的真身究竟在何处。近日来，武林帮派的各大帮主接连因为中了神水宫的天一神水之毒而命丧黄泉，一向风流倜傥的楚留香（狄龙 饰）则被误会为了神水宫的帮凶而遭到唾弃。 　　为了洗清冤情，楚留香决定和李红袖等人调查事件的真相，在一番波折之后，楚留香总算得以打入了神水宫的内部，却发现这里的确是清静之地。原来，所有的命案都系楚留香昔日的好友无花和尚所为，然而，当楚留香想要离开神水宫将真相公之于众时，却遭到了神水宫主的拒绝，只因为楚留香得知了她有一私生女的秘密。

白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。 　　在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。

少年素还真身怀绝艺，初入江湖原想见识广大世界，却因为新结识的好友卷入了险恶的夺权纷争，就连他的老师都因他遭难。

金正隆四年，王世轩所在的家乡关中牛头村严重缺水，王世轩不忍看到村民受此灾难，独自一人前往终南山寻找水源。在甘河镇，寻水无果的王世轩走投无路，想要拔剑自刎，却被贵人所救，传其乾阴功、坤阳剑，并待王世轩刻苦练成后，将水源所在如实告知。寻水路上，王世轩救出叶三娘等人，一行人前往桑麻村疗伤。村民中有人贪图富贵，暗中向贪官走狗唐天鹰告密。王世轩与叶三娘被唐天鹰逼到悬崖处，不愿受辱，跳崖自尽。谁成想两人大难不死，在谷底得一时安全，但都身负重伤。王世轩为叶三娘输送真气，并将太极拳静养之法传授给叶三娘，二人在地宫打坐修炼。修行后，决心去讨伐唐天鹰，为侠肝义胆的志士们算账，最终合力将唐天鹰杀死，为民除害。

锦衣卫总管夏侯追捕转世灵童，灵童意外为叶飞（皇甫无名）所救，皇甫本为锦衣卫，几年前诈死以隐匿。夏侯之义子段十一与皇甫亦敌亦友，欲成为第一杀手，并爱上若碧，因此与皇甫形成竞争关系。为保护灵童，皇甫挚友醉和尚被杀，若碧被擒，夏侯以她诱捕皇甫，并试探段十一。段十一不忍杀若碧，被夏侯杀死。皇甫与若碧誓为十一报仇，并护送灵童平安返回寺庙。

白素瑛精于拳脚，乐打抱不平，人称“女侠白玫瑰”。其父白士清在华北办的牧场遭当地土著潘氏霸占，书信回家招子来助。素瑛兄坠马受伤，于是素瑛女伴男装前往。士清离家数年，早已不记得儿子容貌，见儿子竟是文弱美少女颇为失望。素瑛要求与潘氏比武，大展深受，带领众人收回乐牧场。武士武志远与素瑛数次相遇，情愫暗生。潘氏乃志远恩人，志远不认识男装的素瑛，为报恩，坚持与素瑛比武，久无胜负。素瑛分神间，被志远刺伤额头，头巾凋落，众人方知素瑛乃女子，志远也认出此乃自己的心上人，于此，一对有情人终成眷属。