16世纪的法国塞文山脉中，富有的马商米夏埃尔·科尔哈斯（麦德斯·米科尔森 Mads Mikkelsen 饰）过着富足幸福的生活。遭人陷害后，这位正直不阿的人组织了一支军队，占领了许多城市，寻求公平。

影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身体，加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部 巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。

一九四零年的一个夜晚，南方小镇，吴宁和女进步青年刘欣，将逃离家园的犹太人姐弟俩带到原女子学校躲藏。为安全，吴宁和未婚妻丽华又把犹太人姐弟俩带到位于郊外的丽华家。 日本军官板栗，狡猾奸诈，双手沾满鲜血，为查找报纸《书声》的印刷所，追捕进步青年，费尽心机。板栗在他私设的解剖台上把刘欣残害至死。 一心想当大夫治病救人的日.

Solomon Northup（切瓦特·埃加福特 Chiwetel Ejiofor 饰）本来是一个自由人，以演奏小提琴为生，有一个妻子和两个孩子，生活其乐融融。不料他却被两个白人以为马戏团表演伴奏所骗，去了华盛顿，一觉醒来发现自己成了黑奴。起初他被卖给了Ford先生（本尼迪克特·康伯巴奇 Benedict Cumberbatch 饰），在庄园里当奴隶。不久又被卖给了素有“黑奴终结者”之称的Epps先生（迈克尔·法斯宾德 Michael Fassbender 饰），他在种植园里日复一日地采摘棉花，也目睹了许多黑奴的悲剧。12年过去了，他始终没有放弃重回自由人的希望，直到遇到了一个思想进步的人士——木匠Bass先生（布拉德·皮特 Brad Pitt 饰）。Solomon是否能结束他身为奴隶的命运？ 　　本片根据Solomon Northup的真人真事改编。