故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆?李?琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔?史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。 　　卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。 　　面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……

三年后，科学家韦恩·斯萨林斯基（里克·莫拉尼斯Rick Moranis饰）一家人搬到内华达州的滨海社区，继续他的电磁分子研究。三年前，他曾经因为操作不当把孩子们的身体“缩小”了，闹出了一连串啼笑皆非的故事。而这次，糊涂韦恩仍旧重蹈覆辙，大摆乌龙。在一次实验过程中，只有两岁的小儿子亚当，居然被“变大”了。小亚当只要一接触电流，身体就会不停的长大。一家人展开了挽救行动，可这根本跟不上小亚当的变大速度。转眼间，小亚当已经长成足有3500公分的巨婴。而更麻烦的是，小亚当居然跑上了街头，朝着赌城拉斯维加斯走去，于是他的奇妙大冒险就这样开始了。 　　小亚当能否缩小回正常婴儿的大小，乌龙科学家韦恩又是否能再次摆脱囧境，一家团聚呢？

迈尔斯（伍迪·艾伦 Woody Allen 饰）本是一间食品店的店主，在去医院看病的过程中意外遭到了冷冻，这一冻就是两百年。两百年后，迈尔斯从沉睡中苏醒，世界早已经发生了翻天覆地的变化，残暴集权的统治者巨细靡遗的控制着他的人民生老病死，而“横空出世”的迈尔斯显然成为了这个社会中的极为不安定的因素。 　　就这样，迈尔斯成为了头号通缉犯，遭到了警察的追捕，踏上了逃亡的旅途。在此过程中，他乔装打扮成为了机器人，混入了名为露娜（黛安·基顿 Diane Keaton 饰）的女子的家中，见识了她荒谬的生活。之后，身份败露的迈尔斯绑架了露娜，两人却在之后的相处中深深的相互吸引，最终，迈尔斯还是被捉拿归案，而露娜则在误打误撞之中遇见了反叛军的领袖，加入了起义的队伍之中。

威尔和他的父亲在一座孤立的山上过着简单的田园生活。当威尔的父亲被一头龙杀死后，威尔必须动身下山，并根据一个始于多年前的神秘的家族联系去护卫斯特林，一个曾经富有的领主和骑士。他的到来并不受欢迎，威尔被安排到艰苦而又山路漫漫的农场去干活。他很快成为斯特林任性女儿凯特的朋友。他们两个开始共同努力来揭开连接他们两家的秘密，并帮助威尔准备他与龙的决战，在这决战中，他将向杀死他父亲的龙复仇，并且证明自己是一个男人。

科学家韦恩·斯萨林斯基（里克·莫拉尼斯 Rick Moranis饰）发明了能将物体放大缩小的机器，光顾着高兴的他却忘记了告诉他的两个孩子。于是这个神奇的仪器把他的孩子们跟邻居家的两个孩子都给缩小了。 　　四个孩子开始了一次刺激的神奇之旅。院子里的矮小平坦的草坪变成了高耸茂密的 热带雨林，微不足道的昆虫变成了凶猛硕大的野兽，原先稀松平常的东西都瞬间变成了巨型障碍。然而粗心的夫妇发现孩子们失踪后，才意识到大事不妙。怎样才能把孩子们都变回原来的模样呢？而此时最重要的问题是，他们到底在身边的哪个角落……

马丁（Michael J. Fox 饰）才回到现实世界与女友团聚，布朗博士（Christopher Lloyd 饰）就心急火燎地把他们带到了30年后的未来世界，原来这一次是马丁未来的两个孩子因参与抢劫锒铛入狱，博士要携马丁一起阻止悲剧发生。

科学家、摇滚明星、漫画英雄、地球最后的希望Buckaroo Banzai和他的香港骑士们阻止邪恶的Lord John Whorfin为首的外星人回到PLANET 10，拯救地球的大冒险。

一对年轻夫妇躲进一间玻璃屋，进行为期两周的禁欲自我完善，但却被一名迷路的徒步旅行者打扰了。随着陌生人透露出更多的信息，他们的感情从怜悯变成了厌恶，他们必须决定如何对待他。但当危机似乎已经解决时，奇怪的力量迫使三人再次重演这一场景。