故事由导演亲自撰写，围绕着一位“缺席”的英雄展开：一位迷失在太空空虚中的宇航员。他缺席的故事在地球上被间接地讲述。他是这个国家的儿子，受到所有人的爱戴和钦佩。但他的妹妹艾莎总是想着他，而艾莎是这个故事中真正“全在场”的女主角。艾莎的生活和童年都是由别人代为度过的，她依靠哥哥和英雄的梦想和抱负来维持生活。他是她的参考点和她每天的灵感。当他漂浮在空中某处时，艾莎也在地球上飘荡……

1943年10月，第二次大战期间，在美国弗吉尼亚州诺克福的费城海军造船厂，正在秘密地进行一系列的试验，试验的目的，是美国海军为了防止敌人雷达对己方船只的侦察，使军舰能达到“隐形”的效果，让敌方的雷达“找不到”它们。费城计划所用的是美国海军D－173号驱逐舰。试验是用非常强大的人工磁场，笼罩在一艘驱逐舰上。开始时，先有一道朦胧的绿光出现，一会儿，整艘船都笼罩在这种朦胧的绿光下，船和船上的人员从甲板上开始逐渐消失，直到只看得见该船的水位线为止，结果这艘船舰和船上的官兵竟然“消失”了一段时间。据报道，这艘驱逐舰后来不断在弗吉尼亚州的诺福克出现、消失，也许那儿就是该船消失后的去处，而且，事隔多年，当年在舰上参与试验的人员，还常常在街上、酒吧、饭店等地突然消失而又重现。

在即将到来的节日特别节目中，博士最强大、最可怕的敌人之一——达莱克人将回归。博士被关在戒备森严的外星监狱中。与世隔绝，孤身一人，没有逃脱的希望。在遥远的地球上，她最好的朋友亚兹、瑞安和格雷厄姆不得不在没有她的情况下重新开始他们的生活。但这并不容易。旧习难改。尤其是当他们发现一个令人不安的计划正在形成时。这个计划涉及达莱克人。

相较《阿特拉斯耸耸肩：第一部》，本片不仅请来了邓肯·斯科特担任编剧，还对演员进行了大换血，讲述了关于女强人达尼·塔戈特的故事。在一个家族传承的塔格特铁路公司，现任总裁为家族长子詹姆斯·塔格特，副总裁是达格妮·塔格特，兄妹俩为挽救公司岌岌可危的营运，想法与方法可说是南辕北辙，一位只是口头囔囔一些没有经过详细评估的墨西哥——圣赛巴斯蒂安支线的投资，却没有提出一丝一毫的规划与执行方案，常常以见不得别人成功的酸葡萄心态看待事情与诋毁他人；另一位是以“我是像一个饿疯了一样，去找任何一个能把事情做好的人！”为挽救塔格特铁路公司，与爱迪·威勒斯孜孜矻矻、焚膏继晷的努力工作，为顺利完成里约诺特的铁路支线，找上里尔登钢铁的汉克·里尔登合作，采用里尔登刚发明的新合金当铁轨，没想到成功营造出里约诺特的铁路支线，却是另一个不幸的开端。世界经济正在进一步变坏，失业率达到了24%，汽油也要42美元才能买到一加仑。而就在这个时候，聪明的投资人、既是艺术家又是商业家的达尼·塔戈特发现了生财之道。塔戈特是塔戈特商业帝国的COO，也是董事会主席。他在一间现在已经废弃，曾经辉煌的工厂里找到了一种看上去能改变世界、拯救能源危机的设备--一种发动机。可是这种出色的装备并没有被大规模地生产出来，至于其中的原因，没有一个活人能解释。更倒霉的是，对于这个发动机的项目，还有人在暗中监视着塔戈特的一举一动……

私家侦探徐斯维接到一个神秘的寻父委托。调查时，他意外跌进平行时空，遭遇了异次元怪物。惊险逃脱后，徐斯维身上却不断发生诡异事件。为了摆脱纠缠，他决定查明真相。然而，一个巨大的科学阴谋已悄然向徐斯维袭来……