17岁的佃美奈是一位普通的女高中生，她一直憧憬着某一天能当上一位播音员。                                                                      　　有一天，美奈被露那电视台选为了特约高中生播音员，并可以与她的偶像：播音员甲州翠怜一起工作！这令她感到幸福得有些不切实际！！！                                                                      　　但是，她在一次主持体育节目的时候，突然卷入了宇宙人出现的事件之中！并且，也得知了她被赋予的重大使命…………

十冻京（浅沼晋太郎 配音）是一名活泼善良的高中生，担任着游泳部部长的职务，对生活和学习充满了热情。某日，十冻京偶然邂逅了名为三崎紫雫乃（川澄绫子 配音）的转校生，却没想到这场邂逅改变了十冻京的人生，亦改变了整个世界前进的轨道。                                                                      　　一场意外令十冻京被卷入了机器人之间的激烈战斗之中，温柔体贴的守凪了子（花泽香菜 配音）、学生会会长岛（坪井智浩 配音）和副会长港（井上麻里奈 配音）皆未能幸免，日常的校园生活被打破，非日常的危险与敌人接连来袭，在一场又一场九死一生的战斗之中，一个关于“现实世界”和“虚拟世界”的秘密渐渐露出了真正面目。

公元2010年。全球规模的“超级飓风”使世界各国遭受了巨大的损失。已经膨胀到80亿的人口一下子减少了50亿，变成了30亿。经济和军事的均衡随之崩溃了。                                                                      　　北美、俄罗斯、北欧被冰雪覆盖，平原地区沉入大海，世界地图突变，混沌时代来临了。日本政府在各地建立经济特区，获得了一定的复兴。预先开发的“力量辅助”技术为复兴作出了巨大贡献。但是，特区以外的地区，贫困不断加剧，贫民区不断扩大。统治阶级自称为“Logos”，将“力量辅助”技术转而用于军事。他们将贫困阶级称为“Levinas(孤立者)”，排斥他们。                                                                      　　时光流逝，公元2035年。                                                                      　　脱离了为监视“Levinas”，镇压“Logos”内部的叛乱分子而组成的特殊部队“幻影”的主人公葛城丈与伙伴鹤泽，与神秘的少女登戸沙那巧遇。围绕着沙那，各种人的思虑纷繁缠绕，故事向前发展。他们3个人前进的方向上，究竟有什么......

2100年,人类建立起了比较完善的社会系统,在此基础上,人类开始了向外宇宙进发的计划.正在这种扩张欲望开始无限膨胀时,没有人预料到一直隐藏在微观世界中的一种被称为RYNAX的物质出现了,这是一种希望拥有更广阔空间的物质,它一旦"溢"出,不把整个空间填满不会停止侵袭,而且它会将所有遇到的物质转化为原子,如果RYNAX"溢"出人类世界,后果将不堪设想                                                                      　　                                                                      　　天箕博士是一位量子物理学家,他和他的研究队伍在进行一次原子撞击试验时,突然有两束光芒从试验装置中射出,并且击中了来参观的天箕博士的女儿クラウ(12岁).女孩的身体被当场分解,而后又在光芒中重新恢复成人形.博士赶忙停止试验确认女儿的安危,但眼前的クラウ却说出了"我名叫RYNAX"                                                                      　　                                                                      　　故事会从试验事故10年后开始,博士的女儿クラウ凭借寄宿在体内的神奇力量成为了暗中维护社会治安的特别谍报员中的佼佼者,但22岁那天,クラウ的体内出现了一个被她自己称呼为"对"的女孩,还保持着クラウ12岁的形态.更有组织对クラウ的奇异功能发生兴趣,想方设法劫持她.                                                                      　　                                                                      　　故事设定本身涉及了很多微观世界的理论,估计意欲借微观世界中向往外部广阔世界的RYNAX映射出人类自身的问题.