故事发生在千叶县鸭川，京乃圆（石原夏织 配音）是一位平凡的十七岁少女，就读于私立鸭川女子高中。生性活泼善良的京乃圆喜欢帮助他人，因此成立了名为“Jersey部”的团体，虽然京乃圆是这个团体里的唯一成员，然而，能够一步一步实现自己的理想，京乃圆感到十分幸福。                                                                      　　一次偶然中，京乃圆邂逅了名为兰（濑户麻沙美 配音）的神秘少女，尽管兰个性冷静沉默，但在她的身上，京乃圆还是感受到了和自己相似的气息。就这样，兰成为了京乃圆的同伴。之后，名为麦波（茅野爱衣 配音）的转校生亦加入了京乃圆的团体，当三人相聚之时，命运的齿轮开始了旋转。

创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。                                                                      　　南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。                                                                      　　另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。                                                                      　　要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。                                                                      　　而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…

动画作品「机动战士高达」的塑料模型通称“钢普拉”在1980年代掀起了一阵狂潮。如今，第2次钢普拉热潮，应该称之为新的浪潮席卷整个世界。受它的人气影响，于是有了“ガンプラバトル”。不是虚拟空间里的CG，而是通过操纵制作好的钢普拉来战斗，使用划时代的系统参加世界大赛。                                                                      　　故事的主人公入尾成十分钟爱钢普拉，参加钢普拉战斗世界大赛，是这个年轻的钢普拉builder的梦想。作为模型店唯一的一个儿子拥有者超高的钢普拉制作技术的他，却对战斗的操纵十分生疏，以至于在大赛出场的第一战就败北。他遇到了一个叫做雷吉的有着超凡的钢普拉操纵技术的迷般的少年，他们组队像世界大赛发起挑战，目标是参加世界大赛，然后胜利！

4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。天人组织消失了，世界从3个巨大的国家联盟统一为一个联合政府，世界已经统一。但是，这只是表象。表面的政治统一，但军方秘密组织A-LAWS在暗中从事武装镇压，镇压所有反对联合政府的组织与团体。这样的世界，没有改变。人类依然没有从战争、纷争、矛盾之中解脱出来。天人组织再次回归！高达驾驶员刹那•F•清英驾驶新型号的机器人——高达00再次武力介入。这次，天人组织要面对的不仅是A-LAWS的机动战士部队，还有神秘组织变革者——其首领里冯兹正在计划一个更大的阴谋！《机动战士高达00》系列动画片第2季。

约四十年前，人类在火星发现史前文明“Aldnoah”科技。伴随着火星殖民进程与科技垄断主张，火星开拓民与地球之间的摩擦越发扩大。