核晶守护者乐小宇、福星和立夏，有了霸王龙、猩猩和迅猛龙的加入后，又成功找到了新的远古钶龙：独角兽和双头龙，核晶守护团队如虎添翼。寻找核晶的过程中，霍霍巴博士终于露出自己的真面目，与核晶守护团队展开激烈的战斗。同时，奥米伽也派出新的外星钶龙军团抢夺核晶。尽管遇到的敌人一个比一个厉害，乐小宇等人也依然没有退缩，勇敢地渡过层层难关。凭借友情、努力、团队合作和武器合体，乐小宇等人成功将霍霍巴及外星钶龙击败，并最终集齐了十块核晶碎片

宇宙殖民地移民经过数百年的宇宙时代，争夺地球圈霸权的战争结束了，本以为和平的时代已经来临，然而却是快要面临着崩毁。                                                                      　　A.G.（Advanced Generation）101年                                                                      　　突如其来的不明敌人（UE=Unknown Enemy）攻击宇宙殖民地“天使”并使其崩毁，这死伤惨重的悲剧日后被称为“天使的日落”，之后UE对居住在地球圈的人们带来长期的危害。                                                                      　　A.G.108年                                                                      　　与UE的战斗持续着，原本和平的宇宙殖民地“奥凡”也遭到袭击，居住在此的7岁少年弗里特·明日野在战火中失去了母亲。不过，母亲在临终时，将家中代代相传的记忆单元“AGE装置”托付给他。其中包含着被称为救世主的古代MS“高达”的设计图，弗利特继承了母亲的意志，决心造出高达。                                                                      　　A.G.115年                                                                      　　14岁的弗利特被宇宙殖民地“诺拉”的联邦军基地阿林斯顿接收。七年间，和基地的工程师们持续着研究，终于完成了高达。这部搭载了“AGE系统”的高达，能够令机体自我进化。                                                                      　　然而，可怕的时刻终于来临……                                                                      　　UE的魔爪终于逼近和平的殖民地“诺拉”。                                                                      　　如今，弗利特开动自己制造的高达，挺身而战。                                                                      　　到底弗利特能战胜14年间都不能战胜的可怕敌人UE吗？                                                                      　　历经明日野家族3代人的“百年战争”由此展开……

在遥远的过去，因开采无限能源而招来涅加尔的侵袭、流亡至地球的异星幸存者，为地球创造了神代遗迹及文明延续至今。当地球面临同样的危机时，封存在遗迹中的巨大机器人苏醒，为了寻找在涅加尔袭击中下落不明的姐姐，李星澜以候补生的身份加入了最前线的AG部队。