故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。

为了成为守护缤纷城的精英小队，金鹰特战队与白虎特战队展开了激烈的军事竞赛。在比赛的同时，缤纷城遭到一群坏人的破坏，于是两个特战队立即终止比赛。参与到抓捕坏人的行动中，经过努力，最终将其一网打尽。

许多年前降临在贝吉塔行星上的灾难，无形中改变了整个宇宙的命运。经过最为艰苦的修炼和战斗，孙悟空（野泽雅子 配音）终于赢得天下第一比武大会冠军，和朋友和家人们过上幸福的生活。但是他的战斗并未中止，邪恶无情的手足同胞拉蒂兹、贝吉塔（堀川りょう 配音）、那霸先后造访，之后与曾一手毁灭贝吉塔行星的宇宙最大恶魔弗利萨（中尾隆圣 配音）的宿命决战，再到后来人造人危机以及拥有所有Z战士绝招和不死之身的怪物沙鲁（若本规夫 配音）。宇宙最强战争不断升级，孙悟空和他的朋友们为了全宇宙的和平勇猛冲锋。久违的《龙珠》故事，焕发耀眼夺目的光彩……                                                                      　　本片根据著名漫画家鸟山明的同名经典原作改编，是动画版开播20周年的纪念作品。

舞台是2030年的东京。东京近郊一带突然观测到了高频率的共鸣音，同时城市被红雾覆盖。而且，听到这声音的，不论动物还是人类，全都失去了意识。随着首都机能的麻痹，政府暂时将首都机能移往大阪，并预测这一现象为实体不明的病毒，出于对瘟疫的担忧而封锁了东京。但就在这一“大共鸣”发生6天后，失去意识的人们好像什么都没发生过一样地醒来了。之后，封锁都市·东京逐渐取回了城市机能，但以这一天为分界线，各种各样的“异常事件”开始发生，人们开始接连被更进一步的非日常所侵蚀。在此之中，还存在着解放了隐藏在血中的力量、觉醒为“英血之器”的年轻人们——他们被彼此的力量所吸引，不容拒绝地相遇，心灵相通，互相杀害，逐渐被残酷的命运连环所吞噬。

由于漫长的战乱，室町幕府日渐式微世界进入了崇尚血债血偿的战国时代山海秘境，纪之国这片茂密的森林深处，有一个以八咫乌为军旗纹章的枪炮集团。他们以佣兵为业，驰骋沙场，其名为“杂贺众”。继承杂贺众首领名号的人名为孙一，是一名从异国漂流至此的青年。而另一边，最早察觉欧洲列强侵略意图的三郎，则为了守护日本而四处奔走。原本毫无交集的两人随着异国侵略者的袭击而产生了联系。这群身处战国时代的男人会如何贯彻自己的信念与正义。他们的故事正式开幕——！

继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。