天手让叶是名女高中生，在空中的宇宙殖民卫星过着平静的生活。                                                                      　　但在遇到难民少女尼娅安后，她被卷入了非法MS决斗竞技“军团战”之中。她化名“玛秋”参赛，驾驶着GQuuuuuuX，每日投身激烈的战斗。                                                                      　　同时，被宇宙军和警察两方追捕的神秘MS“高达”及其驾驶员──少年修司，出现在她们面前。                                                                      　　接着，世界迎向了新时代。

加奈（丰崎爱生 配音）打小父母双亡，如今，就连一直以来相依为命的祖母都离她而去，面对这个陌生和凶险的社会，小小的加奈该何去何从？在误打误撞之中，无家可归的加奈住进一家名为“风新”的报纸销售点，在那里，她将以打工的方式来支付她的房租。                                                                      　　在报社中，加奈遇见了许多善良开朗的朋友们，年纪小本领大的小学生代理社长天野咲妃（水原薰 配音）让加奈很是崇拜。再加上活泼淘气的同行北冈梦（广桥凉 配音）和外表御姐内心却有些天然呆的南有纪（远藤绫 配音），以及竞争对手“华日新闻专卖所”的送报娘久地院美华（钉宫理惠 配音），加奈的生活一下子就变得精彩起来。

白滨兼一（关智一 配音）是一个为人和善性格懦弱的内向少年，因为这性格，兼一没少受同学的欺负。为了改变悲惨的现状，兼一决定改头换面重新做人，随即加入了学校的空手道部。没想到，在社团里，兼一的境遇并没有改变，因为被社员讨厌，兼一即将被驱逐出社团，唯一幸免于难的方法就是在于社员的比武中获胜，这对于兼一来说，几乎是不可能完成的任务。                                                                      　　名叫风林寺美羽（川上伦子 配音）的美少女出现在了兼一的面前，她告诉兼一，有一处名为梁山泊的道场聚集了无数的武林英雄豪杰。为了赢得比试，兼一走上了修炼的修罗之道，令他没想到的是，他平凡的人生即将被这一仓促的决定而彻底颠覆。

2100年,人类建立起了比较完善的社会系统,在此基础上,人类开始了向外宇宙进发的计划.正在这种扩张欲望开始无限膨胀时,没有人预料到一直隐藏在微观世界中的一种被称为RYNAX的物质出现了,这是一种希望拥有更广阔空间的物质,它一旦"溢"出,不把整个空间填满不会停止侵袭,而且它会将所有遇到的物质转化为原子,如果RYNAX"溢"出人类世界,后果将不堪设想                                                                      　　                                                                      　　天箕博士是一位量子物理学家,他和他的研究队伍在进行一次原子撞击试验时,突然有两束光芒从试验装置中射出,并且击中了来参观的天箕博士的女儿クラウ(12岁).女孩的身体被当场分解,而后又在光芒中重新恢复成人形.博士赶忙停止试验确认女儿的安危,但眼前的クラウ却说出了"我名叫RYNAX"                                                                      　　                                                                      　　故事会从试验事故10年后开始,博士的女儿クラウ凭借寄宿在体内的神奇力量成为了暗中维护社会治安的特别谍报员中的佼佼者,但22岁那天,クラウ的体内出现了一个被她自己称呼为"对"的女孩,还保持着クラウ12岁的形态.更有组织对クラウ的奇异功能发生兴趣,想方设法劫持她.                                                                      　　                                                                      　　故事设定本身涉及了很多微观世界的理论,估计意欲借微观世界中向往外部广阔世界的RYNAX映射出人类自身的问题.

最強ギルドの座をかけ、ナツたちの新たな物語がはじまる。ナツたちが不在だった7年の間に、フィオーレ王国最弱の魔導士ギルドとなってしまった「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」は、No.1ギルドを決める祭典・「大魔闘演武」での優勝を目指す。大会四日目、ナツ＆ガジルは、現最強ギルド・「剣咬の虎（セイバートゥース）」の双竜と呼ばれるスティング＆ローグと対戦。ナツは、双竜が放つ渾身の合体魔法（ユニゾンレイド）を、ギルドで育まれた想いの力と圧倒的なパワーで撃破する。この勝利により、見事1位に踊りでて歓声をあげるフェアリーテイルとそのメンバーたち。一方、対戦途中でナツにより闘技場から追いやられたガジルは、偶然にも闘技場の地下でドラゴンの死骸が大量に横たわる墓場を発見する。また、大魔闘演武の裏で暗躍する「ゼレフと似た魔力を持つ者」を探していたジェラールは、ついにその人物を追い詰めるが、素顔を見て驚愕する。大魔闘演武最終日、7月7日。この日は、かつてドラゴンが一斉に姿を消した日でもある。大会最終日の始まりとともに、それぞれの思惑が絡み合い、新たな事実が動き出そうとしていた。

在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）

在遥远的莱茵凡王国，王妃诞下了一对双胞胎，可是这对可怜的婴儿自打出生，就背负了残酷的命运。邪恶的教主预言，其中的女婴会在16岁之际成为毁灭世界的可怕存在，因此，刚刚出生的帕西菲卡卡尔苏（折笠富美子 配音）就被下令处决。出于怜悯，帕西菲卡被一对夫妇收养，隐姓埋名的长大。在新家里，帕西菲卡认识了没有血缘关系的的哥哥夏浓卡尔苏（三木真一郎 配音）和姐姐拉克薇尔卡尔苏（大原沙耶香 配音），三人过着平静而快乐的生活。                                                                      　　可是，命运不肯放过帕西菲卡，帕西菲卡依旧活着的消息走漏到了教会中，面对着接踵而来的杀手和人们的敌视，在哥哥的保护下，帕西菲卡踏上了逃亡的旅程。随着年龄的渐长，“废弃公主”毁灭世界的预言是否会成真？

花园花铃（中原麻衣 配音）拥有着悲惨的身世，在她尚且没有记忆的时候，父母就过世了。之后，叔母收留了无处可去的花铃。花铃虽然个性善良而又温柔，脑袋却有些笨笨的，无论是成绩也好运动也好人际交往也好，她都慢别人一步，因此常常遭到叔母的责骂。花铃唯一的好朋友是她的宠物猫小西，然而有一天，小西也离她而去。                                                                      　　一次偶然中，花铃发现了母亲留下来的一枚戒指，这枚戒指拥有神奇的法力，能够让花铃变身成为魔法少女。之后，花铃又遇见了九条姬香（下屋则子 配音）和九条和音（泽城美雪 配音），他们也拥有着各自的戒指。