在充满音乐风情的城市－加音町成长的青梅竹马北条响和南野奏，虽然升上国中后的二人个性总是不合，但却因着相同的兴趣“音乐”而有了连结。某天响与奏正巧在旧歌剧院撞见时，音乐王国“大调岛”的精灵－哈咪出现了，为了不让“小调岛”的敌人继续将传说的乐谱中“幸福的旋律”变成“不幸的旋律”音符，所以找寻能够以“高音谱记号”变身为光之美少女的响与奏。以二人合而为一的正义之心，一齐找寻飞散到人间的旋律音符，和小调岛的敌人来场音符抢夺战！

【故事简介】                                                                      　　能够管理世界的FRACTAL系统完成后，人类史上第一次走进入了不需要工作就能生活下去的乐园。                                                                      　　那之后过了千年——                                                                      　　系统虽然仍在运作，却已经没有人能够准确解析那个系统了。居住在世界上的大多数人类，都坚信只有维持该系统运作才是人类能够幸福的条件。                                                                      　　就在这个时候，位于大陆角落某个小岛FRACTAL系统开始了崩坏——于是，故事拉开了帷幕——                                                                      　　每天维持着淡泊生活的少年克雷恩，某一天救下了因被人追逐而倒在了悬崖下的少女芙琉。与少女的相遇让克雷恩的心也起了波动。可是，芙琉却消失了身影，只留下了一个胸针。在那枚胸针里，封印了一只跟芙琉长得一模一样的虚拟人物——奈莎。                                                                      　　与奈莎一同踏上了寻找芙琉的旅程的克雷恩。最终，他发现了“FRACTAL系统”的秘密——                                                                      　　【STAFF】                                                                      　　監督：山本寛                                                                      　　原作：マンデルプロ・エンジン                                                                      　　系列構成：岡田麿里                                                                      　　故事原案：東浩紀                                                                      　　角色原案：左                                                                      　　角色设计/总作画监督：田代雅子                                                                      　　布景设计：青木智由纪/井上雪江                                                                      　　道具设计：田中裕介                                                                      　　机械设计：林勇雄                                                                      　　美术监督/画像设计：袈裟丸绘美                                                                      　　色彩设计：中岛和子                                                                      　　摄影监督：石黑晴嗣                                                                      　　编集：坪根健太郎                                                                      　　音乐：鹿野草平                                                                      　　音响监督：鹤冈阳太                                                                      　　动画制作：A-1 Pictures                                                                      　　製作：FRACTALE製作委員会                                                                      　　【CAST】                                                                      　　库莱茵：小林优                                                                      　　芙琉妮：津田美波                                                                      　　妮莎：花泽香菜                                                                      　　恩利：井口裕香                                                                      　　桑达：浅沼晋太郎

平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。

表面看来，藤原梦路（冈本信彦 配音）不过是一介平凡少年，然而，他却隐藏了一个不为人知的的秘密——每天夜晚，他都会遭到噩梦的纠缠，并且，梦路拥有能够预知他人梦境的特殊能力，能够通过观察人们周身所散发出的颜色来判断梦境，尽管准确率很低，但到底算是与众不同。                                                                      　　某日，梦路惊讶的发现，噩梦中的场景竟然蔓延到了现实之中，正当他处于惊恐之中手足无措时，一位名叫玛利（佐仓绫音 配音）的神秘少女出现并救了他，之后，外冷内热的天使安琪（远藤绫 配音）、天真烂漫的帕蒂（后藤沙绪里 配音）、邪恶腹黑的米斯特汀（矢作纱友里 配音）接连出现在了梦路的身边。

新來的班導師木林呪理居然是個靈媒師，由於她的興趣是降靈，因此動不動就在課堂上降靈附身或是天外飛來一句令人驚恐萬分的話，不過理由都是為了教學或是出於善意要保護學生。對於降靈與超自然以外的領域一竅不通，再普通不過的日常生活，在她身上經常會有出人意表的發展，也因此鬧出許多笑話。跟著木林老師一起來學著如何與生活中的妖怪和平相處吧。

只有被選上的人才能操縱的「案山子」，據說是神的分身而受人祭祀。就在此時，東京這個大都市竟然陸續出現離奇死亡案件!!究竟是人類所為？還是…