这是一个跨越千年的故事。以表演人偶为生的青年国崎往人（小野大辅 配音）行走到了一个海边的小镇。四处游走的往人一直在寻找着“空中的少女”，这是往人的母亲逝世前曾一直对他说的话。原来流传着这样一个故事。有着翅膀的女孩被视为不幸的象征，终日被关在不见光的房间里，直到遇到那个命定的少年。二人就这样相爱了，但这恋情是不被允许的。于是女孩受到诅咒，陷入了轮回之中。往人在小镇里邂逅了少女神尾观铃（川上伦子 配音）。体弱多病的观铃和传说中的女孩极其相似。而他们的相遇如同千年前的那个传说，轮回的齿轮又开始了不休的运作……
　　本片根据Key社著名的同名游戏改编，还有同名剧场版动画。

19岁的多田万里（古川慎 配音）只身赴东京读大学，入学当日遇到同样是法学系新生的柳泽光央（石川界人 配音），二人随即成为朋友。此时，一个光芒万丈、引人瞩目的漂亮大小姐出现在二人回校路上，她手持一束玫瑰，突然殴打柳泽。原来她叫加贺香子（崛江由衣 配音），是柳泽的青梅竹马， 她为人强势，有自己一套完美的“人生剧本“，而剧本的男主角，就是她狂热喜欢着的柳泽。柳泽视她为洪水猛兽，唯恐避之不及，然而还是逃不过她的追随。面对这么一位耀眼的大小姐，看起来平平凡凡的万里，又会与之碰撞出怎么样的青春故事？新大学，新朋友，新住所，对于万里来说，大学生活显得如此新鲜，值得期待。未来的一切，闪着金色的光芒。

魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。

故事背景设在明治64年，并由德川庆喜掌握权力的另一个日本。国家靠能量源「龙脉」，形成江户和科学混合的独特发展。但繁华背后，反体制派组织「蛇」正酝酿革命之火。德川政府委任暗组织「鵺」将其驱除。女主角-雪村笑羽在幼时被灭门，于是她作为「鵺」的处刑人，为报仇而持续寻找蛇野目……

良家子女聚集的名门学校，私立百花王学园。君临这所被赌博所支配的学园顶点的是，支配弱者的人生、甚至对政界财界都拥有影响力的绝对支配者，学生会。然而，学生会长桃喰绮罗莉，突然宣言了学生会的解散及总选举。选举的规则是一人一票。全体学生都被给予了登上学园顶点的机会。这是追求混沌与愉悦的绮罗莉一念之下带来的选举战。不止如此，与此同时新的威胁也随之而来。那就是，百喰一族——绮罗莉与梦子也位列其中的人们。蛇喰梦子以及与她有着深厚友情的铃井凉太、早乙女芽亚里、皇伊月这4人，在这次策划的总选举中，即将展开赌上各自信念的战斗。是在弱肉强食的学园中成为“饵食”，还是吃掉其他人成为生态系的“捕食者”。千钧一发的选择会使得内心无比动摇的“究极选举死斗”就此开始！