约四十年前，人类在火星发现史前文明“Aldnoah”科技。伴随着火星殖民进程与科技垄断主张，火星开拓民与地球之间的摩擦越发扩大。

周防勇斗（酒井广大 配音）是一个普通的中学二年级学生，不久之前，他的母亲过世了，勇斗因此和父亲之间产生了巨大的误会。一次偶然中，勇斗被传送到了名为“攸格多拉西尔”的异世界中，这个世界正处于战乱年代，各族纷争不断，都在争夺着统治者的宝座。勇斗凭借着自己在现代世界学到的铸铁知识取得了狼族人的信任和认可，一跃成为了领袖人物。成熟稳重但有着意外孩子气一面的菲丽希亚（末柄里惠 配音）、对待任何人都十分冷淡的吉可露妮（伊达朱里纱 配音）、聪明可靠的工坊主人茵格莉特（河濑茉希 配音），围绕在勇斗周围的，是这些骁勇善战的女武神们。

创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。                                                                      　　南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。                                                                      　　另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。                                                                      　　要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。                                                                      　　而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…

圣剑“Excalibur”。以不列颠的统治为目标，为了确定王而准备的选定之剑。拔出此剑之人将被称作“亚瑟”，并获得强大的力量。但，拔出Excalibur的不止一人。随着力量的大量产生，传说发生泛滥，并引发历史的歪曲。为了将历史导向正轨，被称为团长、铁拳、山猫、阁下、炼金、流浪的六位亚瑟，降临到过去之地“不列颠”。他们的使命，是将歪曲历史的Excalibur全部折断。其数量，约有100万。这是，对过去的叛逆。以及，守护未来现在的战斗——。

故事发生在一个虚构的世界“庭园”之中，神秘的力量令一部分的人类获得了特异功能，“圣战天使”是传说中早已经失落的种族，他们能够变身成为超强的武器，通过和人类的合作进行战斗，如今，这一种族竟然渐渐开始了复苏。                                                                      　　库（石田彰 配音）是一位平凡而又善良的少年，某日，他邂逅了名叫蕾（高桥美佳子 配音）的神秘女孩，原来，蕾正是“圣战天使”中的一员，她请求库带她重回圣地“艾迪鲁庭园”，就这样，难辞其咎的库和蕾踏上了旅途。个性开朗活泼可爱的西斯卡（水树奈奈 配音）、温文尔雅的龙威（上田祐司 配音）、成熟温柔的奇雅（铃木菜穗子 配音），三人来自于专门保护圣战天使的完全保护会，他们亦加入了库和蕾的队伍中去。