话说在清末民初时期，一代豪侠燕子李三行侠仗义，劫富济贫，最终却被有人出卖丢掉了性命。李三的师弟李显（姬麒麟 饰）不忘燕子门的奇耻大辱，十年磨一剑培养出三个得意的徒儿云龙（ 张立饰）、云飞（刘长纯 饰）和云馨（林芳兵 饰），最终杀掉仇人，报仇雪恨。适值乱世，日本觊觎东北， 张作霖欲请李显出山相助，后者则虚与委蛇，不愿就范，更命云龙下山避祸。云龙年轻气盛、傲慢无礼，一路上热下不少祸端；师兄云飞仁义忠厚，百般成全云龙和云馨的情事，无奈缘由天定，勉强不得。在这离乱的世道，李云龙最终化身为横行天下的飞贼李三…

七十年代初。昆仑军区来学校招兵了。袁鹰、丁浩天、吕强、方扬四个好朋友都报了名。袁鹰的父母袁有生（储智博 饰）和翠莲（徐松子 饰）反对袁鹰（殷桃 饰）当兵。袁鹰不甘心，搭车去追赶队伍，找到韦铁（李幼斌 饰）。韦铁和袁有生曾经是某边防连搭档，在一次消灭越境叛匪的战斗中，袁有生为在那遥远的地方掩护韦铁负伤失去生育能力，韦铁把刚出生的女儿送给转业回乡的袁有生，承诺和女儿永不相见。
　　十八年后，韦铁当上昆仑军区司令，爱人桂红云（顾燕 饰）当了医院科主任，女儿韦洁（宋汶霏 饰）也在医院当护理员。袁鹰的突然到来，让韦铁又惊又喜，但是他不敢收留袁鹰，他向袁有生保证会遵守当年的承诺。韦铁向桂红云隐瞒着袁鹰就是女儿的真相，而桂红云则一直在瞒着韦铁寻找女儿。

山东济宁，南临微山，东辖曲阜，大运河穿城而过，得交通之便，浸孔孟之风，自古以来政要商贾云集、文人雅士汇聚，是北方赫赫有名的水陆大码头，被冠以“运河之都”的美名。 　　故事从民国初年讲起，跨越近三十年风云际会的历史变迁，以为官刚正的黄子荣、侠义痴情的一片云、诚信经商的宋鲁生、教书写史的杨春早等人物的故事为主线，以家风家训、正气节义为切入点，塑造了官、商、文、兵、匪等各色生动传神、个性鲜明的运河儿女形象。剧中穿插历史事件，点缀齐鲁名人，通过描写主人公跌宕起伏的个人与家族命运，讴歌了运河儿女追求大仁大义、大情大爱、大诚大信、大真大是的境界情怀。最终，书一段运河风情、风土、风韵，写一方家风、家训、家国、家人。

故事发生在七十年代末期，陈星（梁静 饰）和有为青年陆粞（王学兵 饰）两情相悦，渐渐走到了一起。恢复高考后，陈星为了能够考取理想的大学而开始了艰苦的奋斗，而陆粞却因为家庭成分不好而无缘考试，选择留在了铁路装卸站。对于未来的不同选择让这对恋人之间的感情产生了不易察觉的裂缝。水香（殷桃 饰）从很久以前开始就爱慕着陆粞，眼看着陈星和陆粞渐行渐远，她趁虚而入，陆粞的不坚定让陈星失望透顶。与此同时，善良单纯的男孩朱亦文（王同辉 饰）一直默默的守护在陈星的身旁，让陈星的内心里产生了动摇。迫于生活和事业的压力，陆粞最终迎娶了上司的妹妹。

近年来演惯了平民“老好人”的张国立，此番在《草根王》中彻底颠覆以往形象，出演了反一号刘尚文——一个混迹于南市，以警察的身份为幌子招摇撞骗、嗜赌如命，最终沦为汉奸的大恶人。全剧的第一主角朱山，由实力派演员王志飞扮演。朱山自幼对《周易》颇有悟性，后被奸人所害入狱。在狱中，他拜师学艺，进入了“高买”行（旧时指劫富济贫的侠盗），后来又以相士的身份作为伪装，与日本人斗智斗勇，保护了中国的国宝。