唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰（任嘉伦 饰）蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。

1884 年，周莹跟着养父周老四来到关中，输光钱财的周老四将周莹卖到沈家当丫头。周莹逃跑时躲进吴家东院大少爷吴聘的轿中，颇具商业头脑的周莹得到了吴蔚文的赏识，被获许留在吴家。沈星移怀疑沈家大少爷被吴聘暗杀，出手将其打伤。为救昏迷的吴聘，周莹嫁入吴家冲喜。吴聘身亡，吴家处 境困窘，周莹决定要重振吴家东院。 周莹入股陕西织布局，却遭受了朝廷反对洋务运动势力的打击，陕西机器织布局面临重建。为救深陷牢狱的周莹，吴家交出陕西机器织布局的所有股份以及与洋商的生丝合同换得周莹一命。出狱后的周莹重燃斗志建立泾阳布厂，吴家产业再次有了新起色。庚子国难，周莹用自己的方式担起了吴家大业的重振之风，又引领了动荡时局的改革之路。

公元626年，大唐都城长安内突然异象丛生，疑案四起，人心惶惶。大理寺成立调查组，调查这些看似怪力乱神的事件，成员囊括通晓伽罗术的萨摩多罗，超强分析能力的卿李郅，熟练的制造火药并操作连环火枪的黄三炮，精通各类武器的公孙四娘，“人版移动书库”上官紫苏，医学鬼才仵作谭双叶。在接二连三的诡谲案件中，调查组原事实真相，破除坊间迷信。如“地狱古井”村民们正在逃离被诅咒的东水村；“雷公判案”老爷和书生皆被雷公劈死。随着调查逐步深入中，众人渐渐发现，黑伽罗妄想用卑劣的手段企图颠覆和谐的大唐。最终邪不胜正，调查组彻底击碎了黑伽罗的邪恶阴谋。少年们除了那份不变的热血豪情，更多了一份坚定的守护家与国的责任之心。

东瀛与海境的战乱止息，俏如来一行人回到中原。孰料中原与苗疆接二连三发生中毒与发狂之怪事，种种线索皆指向神秘的组织——阎王鬼途。随着阎王归途的首领绝命司的秘密逐渐揭露，没想到其竟怀有危及九界的巨大阴谋……究竟俏如来等人该如何阻止绝命司的计划？