《将军府来了个小厨娘》第二部：明珠郡主（施南 饰）为嫁入大将军府，设计残害苏浅浅（陈芳彤 饰）一家。苏浅浅开始反击，明珠和苏浅浅都分别嫁进将军府，在内宅之中斗智斗力，最终苏浅浅携手少年将军楚君遥（严子贤 饰），完成复仇大计，并以超凡的厨艺赢得大家的喜爱。

牛大宝（包贝尔 饰）一心一意的喜欢着名为袁玉娥（王鸥 饰）的女子，向其展开热烈的攻势，没想到却在误打误撞之中成为了京师总驿站皇华驿中的一员，之后，牛大宝震惊的发现袁玉娥原来是洪帮成员，而洪帮正是皇华驿大力打压清理的反清帮派之一。

三皇五帝，夏商为继。只因那商纣王帝辛（吴卓翰 饰）言语轻薄，触怒了女娲娘娘，致使殷商六百年江山发生翻天覆地的巨变，也引出了封神榜的千古传奇。奉娘娘懿旨，千年修行的九尾狐协同二妖下山，化身苏护之女苏妲己（张馨予 饰）的模样，魅惑纣王，祸乱朝纲。自此纣王愈加荒淫无度，做出诸多天怒人怨的歹事来。另一方面，师从元始天尊的姜子牙（陈键锋 饰）学得一身本领，他下山前往西周，辅助有道之君夺取天下。另一方面，忌恨师兄姜子牙的申公豹（张明明 饰）投靠殷商，引来各路豪强阻挡周武王的大业。天仙、地仙倾巢出动，乱世英雄横刀立马，浩浩荡荡的神话传奇来开大幕……本片根据中国古典名著《封神演义》改编。

分集剧情梵花飞尸案勾栏院中飞尸陨落，尸身布满诡异绮丽的枝蔓状花纹。锦衣卫指挥史离奇暴毙，京城再掀梃击恐怖……无间浮屠案新帝登基，阴云遮日，佛像霎时青光遍体，沁血如泪。似天降不祥之气，众人惊恐之声响彻大殿……魑魅夜游案科举盛事，八方才子集聚京师，觥筹交错之时，探花身中数刀惨死，状元呓语惊人，城中诡影频现，似故人索命。朝堂市井，惶惶不得终日……飞火燃灯案花灯佳节，酒酣之时，观景台上，一人口中喷涌出青绿色烈焰，瞬时火焰蔓延全身，整个人成雄雄燃烧之势，坠落之时，一触即发，城中数人顷刻间身道异处……萧墻之殇案
宫中旧人，接连殒命，疑犯无迹可寻。凶案频起，欲与重明卫叫嚣。“尸音”扑朔迷离，三人组生死成谜……

明朝末年，武当派数位高手相继遇害。时隔多年，凶手仍然是个谜。当昔日遗孤——当俗家弟子耿玉京已长成翩翩少年时，与前来比武的东方亮不打不相识，成为了无话不谈的挚友。倏忽间，风云再起，先是泰昌帝服用武当红丸后暴毙，后是新任武当掌门又对耿玉京步步相逼。无奈之下，耿玉京离开了武当山，在“独行大盗”郑铁岗和其孙女郑巧儿的帮助下，秘密追查当年父母遇害的真相……在追查事情的过程中，他又先后遇到了少林僧人慧可、断魂谷谷主卢象升、昆仑西门燕等武林人士，最后还与辽东的努尔哈赤成为了忘年之交。当调查逐渐有了指向，昔年隐藏的真相逐渐显露端倪时，耿玉京终于发现了努尔哈赤鲸吞中原的野心，而自己的父母当初便是因此而被害。带着国仇和家恨，耿玉京、东方亮一行回到了武当，自此埋藏多年的谜案终于揭晓，内奸也受到了应有的惩罚。

真诚率真的天齐国第一女捕快郝可爱和隐藏身份的宰相之子高子琛共同探案、寻找真相。

康熙二十三年，陈廷敬受康熙之命处置顺天乡试科场舞弊案，因而卷入了明珠党和索额图党的党争。陈廷敬沉着应对，既避免了各党的拉拢，又妥善处置了舞弊案，挖出了背后的索额图势力，扳倒了索额图一党，深得康熙赏识。康熙任命陈廷敬改革弊政，陈廷敬大刀阔斧肃清朝廷内部渎职舞弊的不正之风，改革铜钱制度，清查明珠党羽王继文贪污案，遭到明珠一党的疯狂反扑，他们借揭陈廷敬的亲家、湖广巡抚张汧贪腐一案对陈廷敬展开了攻击，导致陈廷敬被罢官。但是陈廷敬以退为进，最终查出了明珠买官卖官结交朋党的罪证，以结党营私、贪财纳贿之罪罢黜了明珠。此后，康熙再次起用陈廷敬为左都御史，陈廷敬纠劾百司、惩治贪墨，以“陈阁老”之名留芳青史。

公元1093年，大理国公主段芯瑶（乔诗语 饰）的寝殿凤玥阁发生了一场无名大火。芯瑶因私自外出而幸免于难，然而她的哥哥太子却在火海中牺牲。此事使得当时的大理皇室陷入悲痛之中，朝堂上下情绪紧张。芯瑶的母亲蓉妃推测，这场大火可能是有意引发的，而目标恐怕就是芯瑶本人。为了保护她的安全，蓉妃命令军师高升维和侍女喜儿秘密将芯瑶护送出宫，前往中原寻求她的娘家庇护。她们三人接到命令，未经允许不能返回宫廷。