《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。

“圣战”是女神雅典娜与冥王哈迪斯之间自神话时代以来不断重复的战争。故事发生在 18 世纪，远早于圣斗士星矢的时代，当时星矢与其他雅典娜圣斗士以及哈迪斯之间展开了一场殊死搏斗。上次圣战中天马圣斗士、冥王哈迪斯、女神雅典娜之间的宿命大戏，进入了新的阶段！ 《失落的画布》是哈迪斯创作的一幅覆盖天空的巨幅画作。当它完成时，地球上的所有生命都将消失……守护地球和平的雅典娜圣斗士之一天马，成为了天马圣斗士。为了阻止成为哈迪斯附身的挚友阿洛尼，他离开了雅典娜化身莎夏守护的圣域，前往哈迪斯的城堡。