相传女娲补天的七彩神石中有一颗遗落于不周山脉南部的一座峰峦之巅，女娲座下灵狐一族则被派遣下界守护神石。狐仙老祖用自身万年寿元与天道交换保灵狐仙山千年不受侵犯的守护结界即将到期，灵狐族即将面临一场生死浩劫，陆白在机缘巧合下被神石选中，成为了灵狐圣子承担起了守护灵狐仙山，拯救灵狐族的重任。肖景宸为了救命在旦夕的陆白，带着装有陆白元神的守命锁独自来到了灵狐仙山。陆清漪随后问清醒过来的陆白是否找到战灵转世。肖景宸本想和陆清漪承认自己就是战灵转世，不想被陆白打断。
故事发生在 2049 年，在多伦多海岸附近的一个荒岛上，岛民的生存依赖于年轻的 Ti-Jeanne，她冒着被鬼魂杀死的危险，成为加勒比女祭司，拯救她的人民。
这是一个外星人和地球人混居的时代，在外星移民的压迫和统治下，流传百年的武士道精神已然没落，然而，在一片倾颓之势面前，依然有一群人默默的遵守着他们的准则和正义。家道中落的青年志村新八（菅田将晖 饰）在一场意外中结识了万事屋老板坂田银时（小栗旬 饰）和天人少女神乐（桥本环奈 饰），三人成为好友。他们共同的朋友桂小太郎（冈田将生 饰）无故失踪，经过调查，一个名叫冈田似藏（新井浩文 饰）的男人和一把名为“红缨”的妖刀浮出水面。
上世纪70年代，一支集结了科考队员、探险家、战地摄影记者、军人的探险队，冒险前往南太平洋上的神秘岛屿——骷髅岛。他们的到来惊扰了岛上之神——史上最大金刚。经过一番惨烈的激战之后，探险队员散落在了岛屿各处。此时，队员们才意识到这次探险并不是一次单纯的科考任务，而是去探索怪兽存在的证明。 在这片与世隔绝、危险密布的丛林，无数怪异的史前生物暗藏其中，时刻威胁着他们的生命。队员们还遇到了神秘的原始部落，金刚的身世和其守护岛屿的原因也被逐渐揭开，原来，恐怖阴森的骷髅岛上还蛰伏着更凶狠残暴的怪兽……
