毒品市场维持四分天下的格局已久，但自从地藏与墨西哥大毒枭跨境合作扩展势力，再加上一连串黑吃黑的动作，毒界变得风声鹤唳。另一方面，因儿时亲眼目睹父亲被毒品所毁而嫉毒如仇的慈善家兼金融巨子余顺天，正悬赏一亿歼灭香港最大毒贩，此举在社会上引起轩然大波。警员林正风本致力搜证拘捕地藏，毒贩却因巨额悬赏导致人身安全受威胁，他在执行保护毒贩的任务时深感无奈，但又被余顺天的出价所诱惑，陷入黑白正邪的心理挣扎。原来，余顺天和地藏有不可告人的同门关系，一场天地对决一触即发。
1997年回归前夕，多方势力矛盾激化，暴力事件频发。
廉政公署收到报案人廖雨萍（周秀娜饰）的实名举报，举报正在坐牢的富二代曹元元（林峯饰）涉嫌行贿监狱里的监督沈济全（谭耀文饰）以及惩教员，首席调查主任陆志廉（古天乐饰）决定深入虎穴，卧底狱中。在监狱里，被陆志廉送入监狱的前警司黄文彬（林家栋饰）以及曹元元两大帮派势成水火，陆志廉趁机接近曹元元取得信任。同时监狱外的廉政公署总调查主任程德明（郑嘉颖饰）、国内反贪局行动处处长洪亮（丁海峰饰）也陆港联手，通力合作，最终成功破获贪腐行贿大案。
郭豪盗取了四海集团的巨钻九龙壁，原想了结个人恩怨后决定金盆洗手。国际刑警也追查了四海集团很久，由于梁生大律师的身份，一直为黑蛇的不法行径洗白，所以始终没有得到有效证据。郭豪盗取了九龙壁，回程路上遇上黑蛇手下，郭豪偶遇林悦，两人假扮情侣躲过追踪。梁生发觉警方介入调查，主张暂避锋芒，放弃了钻石。黑蛇对梁生的做法感到不解，与梁生产生了分歧。黑蛇的杀手集团与郭豪展开激烈角逐，郭豪意识到行动的危险，让助手安宁暂时躲避。未料，铁虎出手杀死安宁。郭豪悲愤不已，而此时黑蛇抓了林悦，约郭豪见面。郭豪与警方取得联系，对黑蛇实施抓捕，黑蛇最终落网。郭豪为救林悦，倒在血泊中。林悦伤心欲绝，失声痛哭。
黑霸犯罪团伙绑架东南亚大毒枭的儿子说起，中国边防部队获知中国公民也在这次被绑架的人质当中，于是派出侦察员李国生深入犯罪团伙收集情报。李国生在卧底期间结识了尚存一丝良心向善的豹三，在多次配合武警部队的行动中，李国生对豹三有了不同一般罪犯的看法，而对于这样一个曾经罪恶滔天的人来说，李国生陷入国家任务与个人思考的两难地步。随着卧底行动的深入，李国生如何选择。
大陆某部级高官涉嫌指派情妇来港洗钱，且金额巨大。为此，ICAC（廉政公署）陆志廉（古天乐 饰）和JFIU（联合财富情报组）刘保强（张智霖 饰）联合展开调查。可就在此时，陆被指控巨额财产来路不明，遭到廉政公署L组（内部纪律调查组）程德明（郑嘉颖 饰）的调查，并最终得到停职的处分。为证明自己清白，陆志廉千方百计找到举报自己的女孩Eva（邓丽欣 饰），发现这一切都与正在调查的洗黑钱案件息息相关。未过多久，中国反贪局侦查处处长洪亮（丁海峰 饰）也来到香港，其矛头正是洗钱案的幕后首脑张部长（冯雷 饰）。
