虽然贵为公主，但艾丽莎（劳拉·贝莉 Laura Bailey 配音）的个性实在是太过于活泼了，常常在宫里惹出各种各样的麻烦需要爸爸妈妈帮她善后。为了学习宫中的礼仪，艾丽莎被送到了女王处，严格又古板的女王令艾丽莎头痛不已，她一点都不想变成一个真正的翩翩优雅的公主，她真正想要当的其实是一名海盗！在罗杰斯勋爵的帮助下，艾丽莎拥有了属于她自己的船，一行人开始了他们在大海上的旅程，途中，众人来到了一座神秘的小岛上，在那里，艾丽莎结识了卢卡斯（尤里·洛文塔尔 Yuri Lowenthal 饰）。岛上生活着许多凶猛的野兽，艾丽莎决定帮助卢卡斯逃离这里。
城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德（布莱恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。
