漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。                                                                    刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。

西宫硝子（早见沙织 饰）生来患有听觉障碍，要依靠助听器和外界交流，口语发音也因此格外的古怪。小学时，硝子转入了一所新的学校，特殊的生理缺陷让她成为了班上引人注目的独特存在，她因此收获了坚实的友情，却也遭到了以男生石田将也（入野自由 配音）为首的小团体的孤立和排挤。随着时 间的推移，无心或有意的恶作剧渐渐升级，最终演变成为了无法挽回的伤害，硝子永远的消失在了众人的眼前。

每天入夜，当春日部的居民们酣然入睡之后，他们都会来到一个神奇而又美丽的梦中世界中。在那里，他们可以实现一切想要实现的愿望，满足一切渴望满足的要求，这个梦中的世界充满了快乐和幸福。 某日，一个名为贯庭玉崎的女孩跟父母一起搬来了春日部市，成为了这个城市中的新的一份子。然而，从那一天开始，大家就再也没有做过美梦了。那个曾经温暖的梦中世界，如今充满了痛苦、悲哀和恐惧，而梦境中的灾难亦渐渐延续到了现实之中。这一切的发生，显然和玉崎有着脱不清的干系。为了弄清事件的真相，小新（矢岛晶子 配音）联手风间（真柴摩利 配音）和妮妮（林玉绪 配音）等小伙伴们展开了调查。

出生在墨西哥的尼罗，一直以来都怀揣着一个美国梦。他从小就在边境线上和一群美国的少年一起玩排球。于是，要成为一个美国公民，就成了他的毕生梦想。尼罗的一个哥哥曾经成功地穿过了边境，来到美国，并且用服兵役做手段获得了美国公民的身份。他现在在洛杉矶的一座豪宅里工作。豪宅主人的奢华生活让尼罗大开眼界。而尼罗要获得绿卡，唯一的捷径就是加入美国军队，执行军事任务。服役期满后，自然就得到了绿卡。于是，尼罗就来到军队，前往沙漠地带，为了自己的“公民权”展开实际意义上的“战斗”。一挺机关枪，就是他成为公民的捷径 。