这是吴镇宇首次执导的影片，导演企图通过片中人物的交流、命运来揭示环境变迁、社会进步给人带来的枷锁，呼吁人们相互之间彼此信任。烂头（吴镇宇 饰）是一名普通的香港警察，他的佩枪编号9413,似乎冥冥中就注定了他的悲剧命运。烂头现在的精神几近崩溃，已经丧失了全部记忆。他唯一的办法就去寻求心理医生的帮助，他一直想逃离自己现在的生活状态——肮脏、迷乱的世界，但是他又似乎永远都无法回到自己过去那个干净明亮的世界……
故事发生在1996年12月31日，平日里冷酷无情的王帮办（王敏德 饰）在一次危险的任务之中误杀了一名人质，一时间，执法者沦为犯罪者，昔日里吃过他苦头的下属们纷纷伺机报复。长腰（林晓峰 饰）是初出茅庐的菜鸟警员，于执勤之中打死了一名小混混，起初，长腰深信自己系为民除害，沾沾自喜，然而，当他见到了小混混的亲人之后，后悔的心绪在他的内心蔓延。
碧生与碧琪为朝街私钟妹,感情甚笃,合称朝街双Big。因生欠下赌款，琪请其男友龙代出头，与西洋仔结怨，后琪被西洋仔掳走，生、龙为寻回琪，出生入死，渐生情愫，琪被救回后，发现生、龙关系，与生渐疏远。另方面，生结识老差骨麦Sir，成为好友，麦Sir更对生存有父女间的情义。麦Sir数度追捕龙，均被上司靓Sir阻止，却原来龙乃卧底，直属于靓Sir，后靓Sir被西洋仔所杀，龙被麦Sir苦苦追缉，无从证实自己身份。西洋仔因私窦被捣，掳走麦Sir儿子小杰，逼麦Sir替其杀死龙，危急中，困于麻袋中的生脱缚扑出，一个血人扑向西洋仔……
巍巍京城，气势磅礴。时有捕神（成泰燊 饰）率领的六扇门，高手云集，作风凌厉，成为朝廷只手遮天的人物。是时京城伪造铜币泛滥，六扇门头号捕快冷血（邓超 饰）策划抓捕疑犯，结果在醉月楼与另一组人马大打出手。对方是诸葛正我（黄秋生 饰）统领的神侯府，手下更有无情（刘亦菲 饰）、铁手（邹兆龙 饰）等身怀绝技的高手。捕神对神侯府的目的颇有猜疑，遂假意赶走冷血，令其潜入神侯府调查诸葛之真实目的。在此之后，冷血与无情、铁手以及江湖中人追命（郑中基 饰）组成四大名捕，声名显赫，而来自六扇门的姬遥花（江一燕 饰）似乎又暗藏不可告人的秘密与阴谋……
