忍者神龟被一把神奇的魔杖传送到了17世纪的日本,他们将在那里对抗邪恶的Norinaga勋爵,并夺回魔杖拯救纽约市!
在幻影忍者们齐心协力击退飞天海盗之后，忍者世界恢复到往日的和平。忍者们认真地进行日常训练，但大地忍者 - 寇，似乎有什么心事困扰着他。寇在过去的战役当中，被邪恶的杨大师变成了幽灵，原本他还以为自己已渐渐习惯幽灵形态，但他却惊觉自己有可能随时会消失不见，仿佛不曾存在过一样。就在这个时候，他又听到了杨大师的呼唤，发现杨大师正在进行一个阴谋，企图将过去曾被忍者们打倒的强大魔头们全都召唤回忍者世界！面对多个过去的死敌同时袭来，幻影忍者们能招架得住吗？而寇，是否能够渡过这次的难关，继续存在于这个世上呢？
