明朝末年，权宦魏忠贤独裁专权，皇上筹谋铲除魏忠贤。此时，原本要入宫为妃的洪御史之女莫名死亡，六扇门都指挥使向石派出叶飞和云灵与魏忠贤斗智斗勇，查清案件真相。魏忠贤设下更大陷阱，六扇门惨遭屠戮。叶飞和云灵奋起反击，与皇上联手，终将魏忠贤铲除。最终，云灵入宫为妃，叶飞接掌六扇门。
明朝时期，莫问君为寻师父来到落雁镇参加一场神秘的比试，江湖小侠叶知秋也混入了这桩精心设计的阴谋。在经历了生死考验后，两人解开了多年前一段江湖公案之谜，同时莫问君也了解了自己的身世。
明朝中叶，走狗大太监刘崇通敌卖国，残害忠良，八王爷暗自调查刘崇得到其通敌书信，准备面呈圣上弹劾刘崇。不料，其亲信在护送书信时遭到走狗追杀，紧急之下，将书信托付赶考书生宋乾并告知其中有奸细的消息，嘱咐宋乾务必将书信交给八王爷，然后以一人之力掩护宋乾离开。逃亡中的宋乾遇到追杀的走狗暗卫，千钧一发之际，颜如玉突然出现，救下宋乾。为了完成驿使临终所托，宋乾决定跟着颜如玉以自保。 江枫扬与师父林城在驿使命案的现场发现了宋乾的赴考通行证。指挥使赵显发现驿使身上没有信件后，便知道驿使将信件交给宋乾，为了不让更多的人知道此事，便一口咬定宋乾便是杀害驿使的真凶，并命令了江枫扬全力追捕宋乾，希望借此保护宋乾手中的书信不落入走狗之手。 得知暗卫失手的刘崇十分生气，亲手解决没有完成任务的暗卫。义子刘洵主动请缨，要为刘崇拿回宋乾手中的通敌信件。 颜如玉意外听到江枫扬审问宋乾。...
本片讲述了阴阳通吃的三更客栈突然来了几波为了一具尸体各怀鬼胎的人，从而又牵扯出十几年前一桩桩悬案背后的真相。
