童年兄弟意外失散，30年后因一桩罪案相见，两人已身处不同阵营。随着对罪案调查的深入，一个多年来隐于幕后的恐怖组织渐渐浮出水面。

故事开始于卧底警察潜伏黑帮，意外的坐上了黑帮老大的位置，不料被大毒枭设计一步步拖入公海的魔鬼运输船；恰逢此时，一支神秘的第三方部队正在展开他们的复仇之路，命运的纠葛从此开始。在三方力量的角逐中，激烈的搏斗、刀战、枪战、狙击战、遥控炸弹，层层升级步步惊心。在法与情，爱与恨，兄弟和女人之间，有些事情总要有人去做。

廉政公署收到报案人廖雨萍（周秀娜饰）的实名举报，举报正在坐牢的富二代曹元元（林峯饰）涉嫌行贿监狱里的监督沈济全（谭耀文饰）以及惩教员，首席调查主任陆志廉（古天乐饰）决定深入虎穴，卧底狱中。在监狱里，被陆志廉送入监狱的前警司黄文彬（林家栋饰）以及曹元元两大帮派势成水火，陆志廉趁机接近曹元元取得信任。同时监狱外的廉政公署总调查主任程德明（郑嘉颖饰）、国内反贪局行动处处长洪亮（丁海峰饰）也陆港联手，通力合作，最终成功破获贪腐行贿大案。

经过多年的追查，香港廉政公署准备对理达贸易集团负责人陈超群以及海关官员钟嘉玲（袁咏仪 饰）就非法内销行贿行为进行起诉。可是在开庭前夕，作为举报人和证人的理达的前任财务总监许植尧（张家辉 饰）临时改变出庭打算，启程前往澳洲。法庭给出七天限期，为此，该案负责人陈敬慈（刘青云 饰）和同在廉政公署供职的妻子江雪儿（林嘉欣 饰）联合展开调查。陈倾尽全力追查陈超群走私行贿的实证，并试图揪出其背后的大老虎。江雪儿则远赴澳洲，力劝许植尧回港作证。

《犯罪現場》以通缉犯徐糠伏尸屋事件开始，负责调查的警官林法栋（张继聪 饰）发现涉及一宗一个月前的劫案，当中同谋包括汪新元（古天乐 饰）、红毛（凌文龙 饰）与欧阳（李灿森 饰），而犯罪现场唯一目击证人是一只鹦鹉，林法栋锁定汪新元为嫌犯。不过案情卻不如想像中直接……