该片讲述前作三年后的故事，治理广岛架空都市吴原市黑社会的传说中的刑警大上章吾去世之后，年轻的主人公日冈继承他的遗志，继续为一方和平努力的故事。

本作脚本出自青岛武和泷本智行之手，讲述了一同经历过年少时期的3位少年在度过25岁之时，因调查某件杀人事件而分别以刑警、嫌疑人和被害者再度相遇，追溯事件的真相以及内心深处封印的禁忌过去。而与三人有着千丝万缕联系的案件真相、一段讳莫如深的过往，也将在调查过程中逐渐浮出水面。

相貌英俊的御手洗洁（玉木宏 饰）拥有天才般的智商，他既是一名脑科学家，同时还兼任侦探工作。这一日，御手洗从作家朋友石冈和己（堂本光一 饰）那里听到一个颇为离奇的故事。话说某个瓢泼大雨的夜晚，穿着白色连衣裙的女子拎着红色雨伞在雨中行走，她来到十字路口，却并未按照信号灯的指示过马路。之后女子将雨伞放在马路中央，任由过往的车辆将伞轧断。御手洗迅速判断在女子出没的附近场所发生了大量流血的杀人事件，为了证明自己的判断，他连夜报警。次日一早，御手洗的推理得到验证。然而出乎意料的是，拥有最大嫌疑的白衣女子的尸体不久也被人发现…… 　　本片根据岛田庄司的原作《傘を折る女》改编。

照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难……本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。

显赫富商一原高显（北村总一朗 饰）病故，他的亲属们齐齐来到高级日式客栈“回廊亭”举行断七法事，当然最令他们关心的还是遗产分配事宜。每个人都心怀鬼胎，渴望获得最大利益，也格外防备着其他人的算计，所谓亲情变得不值一提。就在这一关键时刻，一名神秘而美艳的女子突然出现在一原家面前，她自称本间美代子（常盘贵子 饰），是与死者生前颇有渊源的老婆婆的女儿。夜深人静，做梦发财的贪婪之人没有等到他们的遗产，反而等来死神的光临。破灭的爱情，破败的人生，曾经种下的恶缘种子，在回廊亭开始发芽。

1947年4月19日夜间，在战争结束后的混乱时期，上田昌之与战友田上密谋杀害了一名外国黑市商人和他的妻子，并抢走了他们的吗啡。两个月后上田被捕，被判处20年有期徒刑，并在广岛监狱服刑终身。次年1948年4月13日，上田成功越狱，躲藏在妻子雅代居住的神户和大阪，但同年5月3日，他在观看关西影剧时被发现并被捕。上田的刑期被延长，但增加了越狱罪名，使他的总刑期达到 21 年零 3 个月。同年9月，上田在正在服刑的冈本帮头目冈本诚二郎的帮助下，与狱友末永、小岛再次越狱。随后，他以山本清的名字躲藏在家乡四国松山市草下村，他的妹妹和子就住在那里。在那里，上田成为了秘密杀牛并供养其姐姐家人的集团老大，但在1941年4月，他在妓院卷入斗殴而被警方逮捕，其身份通过指纹被揭露。次年 5 月，上田的刑期被改回为 22 年零 7 个月。当上田得知已被抓获的末长在第八工厂遭到名古屋老板真人的虐待时，他试图与真人谈判，但事情变得复杂，最终他杀死了真人。他的刑期因这项罪行被加判八年，总刑期达到三十年零七个月。而且，上田还遭到真斗的强大部下吉原的挑战，上田在浴池中伏击了吉原并将其杀死。这将他的刑期增加 7 年，达到 37 年零 7 个月。上田因这起谋杀案在长期监狱里被监禁了三个月，最终于2010年3月被释放。然而，在被保安长官堂本骂为疯子之后，上田一怒之下用在堂本桌子上找到的刀袭击了堂本。谋杀未遂的指控使他的刑期增加了四年，总刑期达到 41 年零 7 个月。同年8月，在该罪行的审判期间，上田突然逃走，并在日下村停留，与妹妹度过了一段漫长而愉快的时光。然而，他的杀牛同伴向警方通风报信，该团伙随即被警察包围。经过激烈的斗争，上田突破包围，开始行走，决心寻找生命和无尽的自由......