关东与关西在无人察觉的情况下暗中争夺霸权。忍者潜伏在阴影中。关西忍者后裔不断骚扰关东。与此同时，四名转学生抵达东京的一所女子高中。她们的真身是被派去保护东京的忍者后裔——JK忍者女孩！

漩涡博人（三瓶由布子 Yuko Sanpei 配音）虽然是七代火影漩涡鸣人（竹内顺子 配音）的儿子，但是他并不以父亲为荣，父子间充满了误会。博人为了打败父亲，准备拜师宇智波佐助（杉山纪彰 配音），与此同时，博人与佐助的女儿佐良娜（菊池心 配音）、三月（木岛隆一 饰）组成了小队，共同参加下影的考试。下影考试开始，博人求胜心切，不料考试途中，神秘反派大筒木桃式、金式发动了突然袭击，鸣人为了保护木叶村陷入了危机。博人开始重新认识这个父亲，和佐助、我爱罗等父亲的老朋友开始了拯救鸣人的战斗。

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奥特战士们的故乡——M78·星云“光之国”遭到神秘敌人的突然袭击，年轻战士赛罗奥特曼对自己的力量过于自信，一度陷入危机。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。为了弥补自己的草率，赛罗奥特曼只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲给予他的万能物品——赛罗手镯，向着未知的宇宙空间，独自踏上旅途。 　　在经历艰苦的旅途后，赛罗奥特曼到达了一颗行星。在拯救遭遇巨型机器人兵团蹂躏的行星上的人们时，他和身负重伤、奄奄一息的青年“岚”以及他的弟弟“小治”相遇。赛罗奥特曼被岚的勇气所感动，与他合为一体，以岚作为人类形态，拯救了岚的生命。之后，通过与行星艾斯美拉鲁达的公主艾美拉娜的会面，赛罗奥特曼知晓了敌人的真正身份……操控谜一般的敌方军团的幕后黑手，是“银河皇帝贝利亚”！曾被奥特战士们齐心打倒的邪恶奥特战士贝利亚复活了！他构筑起强大的银河帝国...

未来世界，感染了X病毒的恶魔党携带威力强大的赤盾出现在地球各个角落。仅仅是七天的时间，地球一半的领土便宣告陷落。人们流离失所，躲在最后的保留地苟延残喘。国际科学技术厅（ISO）的南部博士（岸谷五朗 饰）发现一种神秘的石头可以赋予特定人群以强大的力量，而力量提升后的超级战士正是阻挡恶魔党的不二人选。在此之后，鹫尾健（松坂桃李 饰）、大月纯（刚力彩芽 饰）、大月甚平（滨田龙臣 饰）和中西龙（铃木良平 饰）等人得到ISO的发掘，经过连番常人难以想象的特训，他们成长为对抗恶魔党的科学忍者队战士。某次战斗后，健的老友浅仓乔治（绫野刚 饰）加入进来，他们奉命去保护恶魔党逃亡过来的头目伊利亚（中村狮童 饰），以期获取Last Suicide计划的详情。面对这个有着深仇大恨的敌人，健和乔治的内心悄悄发生着变化……©豆瓣

　　某天，一辆运钞车遭到抢劫团伙袭击，高达2.6亿日元的现金被对方劫持。罪犯在逃跑过程中慌不择路，闯进了一座大型购物中心，并以此为据点劫持了多达50名的人质。警视厅搜查一课特殊搜查班（SIT）的宇佐木玲子（米仓凉子 饰）进入现场与罪犯谈判，谁知就在关键时刻SAT突入现场，引发了中心的爆炸。御堂启一郎（津川雅彦 饰）以主犯身份投降，而其他犯人则趁乱逃跑。数周后，玲子在羽田机场重逢当时作为人质的木元佑介（林遣都 饰），盘桓心底的疑问让她感觉到了些许异样。不久后劫机事件发生，劫持者要求释放御堂，否则一小时后将屠杀人质。

星历2988，巴兰谢公（田中秀幸 配音）成功研制出新型Fatima（拥有女性外表的机器人）拉克西丝（川村万梨阿 配音）和克罗索（佐久間レイ 配音），他召开盛大华贵的发布会，连传奇整备士雷帝欧斯·苏普（堀川亮 配音）也应邀参加。但在发布会开始前，克罗索在拉克西丝的帮助下逃跑，引起一阵混乱。最终寇拉斯三世（井上和彦 配音）救下克罗索，而后者也将寇拉斯认定为自己的主人。虽则如此，邪恶贪婪的尤巴大公（永井一郎 配音）不愿遭受如此挫败，他时刻企图将克罗索和拉克西丝纳为自己的私人物品。一场关乎贪婪和欲望的争夺……

幽灵军团的黄泉（中村秀利 配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑（藤村歩 配音），并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、宁次（遠近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）受命前去保护紫苑。然而，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言……
　　本片为《火影忍者》第四部剧场版动画。