在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战斗。
仓田亚美（东山奈央 配音）是一名平凡的女大学生，运动神经十分不发达的她连在平地上走路都会摔跤，是一个实实在在的运动白痴。为了挽救声誉，亚美决定开始学习骑自行车，在此过程中，亚美竟然渐渐爱上了这项运动。 亚美的青梅竹马，右脑发达十分擅长运动的新垣葵（五十岚裕美 配音）、身材娇小但实际上个性非常成熟的西条雏子（大久保瑠美 配音）、沉默寡言，有着和清淡外表毫不相称的狂热与执着的一之濑弥生（黑泽由里香 配音）、个性独立来去自如的神秘女生高宫纱希（日笠阳子 配音），在半推半就之下，亚美加入了单车部。
在计算机宅男阿学遭到混混纠缠时，出手救了他的是隔壁班素昧平生的阿阳。脑子动得快、八面玲珑、做坏事却不懂得踩剎车的阿阳，与有着沟通障碍、计算机知识却非常丰富的阿学，两人就此结下不解之缘，成为互补的最强搭档。毕业后，两人决定白手起家创业，一起赚到能买到世界上任何想要东西的「一兆美元」！为此，他们决定挑战世界级黑客大赛SECCHAM……！
