校园女神鹰峰和一点都不起眼的白田虽然从小同校，但从来没有什么交流可言。某日，白田在阴错阳差下目睹了鹰峰的更衣现场，更进一步发现她竟然拥有透过脱下内裤来穿越时空改变因果的超能力！而为了让自己能够随心所欲的使用这个能力，被鹰峰使诈陷害的白田逼不得已，只能选择成为她的衣柜！
超古代的地球曾经拥有相当高度的文明，但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平，所以出动大军将人类文明彻底消灭。 时至现代，地球上已经筑起了新的文明，但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来，凭借超古代文明而觉醒的12位星神战士，将担负起保卫地球的重任。
这是一个人类世界与非人类世界尚未分离的古老故事。
男鹿辰己（小西克幸 配音）就读于石矢魔高校一年级，是一个眼神凶恶个性粗暴的不良少年。这一天，刚刚在河边结束了一场斗殴的男鹿发现河面上居然飘来了一个长相十分可疑的大叔，更让男鹿震惊的是，大叔的体内居然产出了一个小小的婴儿！大叔告诉男鹿自己名叫阿兰德隆（高木涉 配音），婴儿名叫小贝鲁（泽城美雪 配音），他们来自魔界，而此行的目的就是毁灭全人类！莫名其妙之中，男鹿与小贝鲁签订了契约成为了小贝鲁的奶爸，这一颠覆性的改变让男鹿觉得十分头痛。随后，身材和个性都很火爆的恶魔女仆希露迪（伊藤静 配音）来到了男鹿身边。一面要对抗校园中的黑帮团体，一边又要照顾个性别扭的小贝鲁，男鹿惊险又温馨的奶爸生活即将拉开序幕。
日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活。然而，对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪，继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
