结束了与魔人布欧的惨烈之战后，多灾多难的地球重归和平，而作为救世主存在的孙君（野泽雅子 配音）还生人间，和家人们过着无忧无虑的快乐生活。这边厢Z战士们安享太平，遥远的宇宙最深处，一个可怕的神明悠然苏醒。他是破坏神比鲁斯（山寺宏一 配音），嗜好美食又无比任性，稍有不满意的地方便面不改色地摧毁一颗星球以及上面的生命，堪称是界王神都不敢轻易招惹的可怕神明。受一个神秘之梦的侵扰，比鲁斯决定寻找强大的对手比试一番。他和随从维斯（森田成一 配音）来到了地球。孙悟空和伙伴们面临前所未有的挑战，而他将朝着神的境界全力冲刺……
超古代的地球曾经拥有相当高度的文明，但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平，所以出动大军将人类文明彻底消灭。 时至现代，地球上已经筑起了新的文明，但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来，凭借超古代文明而觉醒的12位星神战士，将担负起保卫地球的重任。
魔法使一族的野心使他们为了获取更强的力量，促使他们唤醒了不该唤醒的东西，世界的毁灭近在眼前。只有最强的魔法使公主锁部叶风（泽城美雪 配音）才能阻止这一切的发生，但被部下锁部左门（小山力也 配音）暗算的叶风被困在了施了结界的无人岛上。高中二年级学生泷川吉野（内山昂辉 配音）的好友不破真广（丰永利行 配音）的妹妹不破爱花（花泽香菜 配音）被入室抢劫犯所杀，但是真广却认为妹妹的死疑点重重。为了调查妹妹的死因，真广通过海上的漂流人偶和锁部叶风达成秘密交易。真广在失踪一个月后，在大雪的冬日伴随着漫天的蝴蝶突然从天而降。与此同时，可怕的“黑铁病”在整个日本蔓延开来。真广到底和魔法使公主结下了什么样的契约，而他到底带着怎样的使命来到这个世界？
日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活。然而，对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪，继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
