超古代的地球曾经拥有相当高度的文明，但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平，所以出动大军将人类文明彻底消灭。 时至现代，地球上已经筑起了新的文明，但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来，凭借超古代文明而觉醒的12位星神战士，将担负起保卫地球的重任。
故事发生在圣夜学园之中，日奈森亚梦（伊藤加奈惠 配音）是就读于五年级的女生，外表看来，她沉默寡言特立独行，可实际上，那不过是亚梦害羞的表现罢了，在内心里，她亦希望能够和同学们打成一片，和睦相处。一次偶然之中，亚梦得到了心灵之蛋，从蛋中孵出的守护甜心，即是她理想中的自己。 拥有了守护甜心，亚梦被邀请进入了校园里名为“守护者”的组织之中，亚梦得知，守护者们正在寻找一颗名为守护胚的魔法蛋，只要拥有了这枚魔法蛋，便能实现任何愿望。同样在寻找着守护胚的还有名为EASTER的神秘集团，他们不择手段的依靠腐化他人的心灵来达到自己的目的。
在忍之谷附近的一个山洞，发现不明物体似向某个地方传达讯息......另一 边在疾风流忍术学校忍风馆，馆长日向无限斋为应付五百年一次的忍术比试，开始教导众学员。突然间发生地震，结界被破坏，宇宙忍群邪神者出现并将所有疾风流学员杀光。幸好无限斋的女儿胧把残存的三名学员鹰介、七海及吼太救出，并任命他们成为传说中的继承人Hurricanger (忍风战队) 。 邪神者为了得到“那个”，忍风战队便阻止他们。在战斗期间出现了两名神秘战士，他们自称为轰雷者，原来是另一 派迅雷流生还的霞兄弟，但是他们憎恨疾风流并以他们为敌。为了达到邪神者同一目的，于是不断刁难忍风战士。后来他们因被利用而心心不忿，和得到鹰介三人体谅，最终两大流派一起联手对 付邪神者，并成功消灭其中一名宇宙忍者。 五位忍者战士受了中忍一击，生命危在旦夕，接近死亡边缘之际，绿之光弹手里剑者及时出现救活他们， 因为他的出现，不知道其身份只靠变装执行任务，他的主人就是宇宙统一忍者流的始祖觉罗。所有宇宙忍者被击败， 其后“那个”迫近，鹰介及忍者们全力去阻止地球变成黑暗世界。 经历战事过后，这班年青忍者明显成长了，忍术学校的毕业典礼顺利完成。
