故事发生在位于大阪的安倍商店街中，无论什么时候，这里都洋溢着热热闹闹的欢快气氛。个性大大咧咧的少女朝比奈由美（松冈由贵 配音）从出生起就生活在这条商店街上，和她一起长大的，还有活泼好动，满脑子都是奇思妙想的今宫圣智，两人可谓是青梅竹马的玩伴，商店街的每一条街道，都被他们牢牢的敏记在心间。 谁知道某一日，拆迁队的到来彻底破坏了商店街祥和的气氛，甚至引发了可怕的诅咒，这诅咒令商店街的居民们穿越到了一个又一个奇妙的世界之中，开启了他们充满了刺激的不可思议的冒险。
雏见泽是一处坐落在群山环绕之间的僻静村庄，淳朴的民风使得这个古老的村庄一直以来都保留着祖先时代的祭祀习俗，称为绵流。昭和58年的一个夏天，这个村庄迎来了一个新的居民：少年前原圭一（保志总一朗 配音）。新的环境让圭一有些不太能适应，但在结识了温柔的龙宫礼奈（中原麻衣 配音），活泼的园崎魅音（雪野五月 配音），外表孱弱却内心坚强的北条沙都子（金井美香 配音）和古手梨花（田村由里香 配音）后，新的生活很快便如火如荼的展开了。 随着时间的推移，一年一度的绵流祭奠即将开始，然而在此热闹之际，圭一却听闻了一些雏见泽不为人知的过去，以及历年来绵流祭奠所带来的，一人失踪一人死亡的被称为“神隐”的恐怖事件。这些传闻是虚是实？过往单纯快乐的生活是真是假？作为一名“外来者”，前原圭一出人意料的逐渐接近了某个重大事件的真相。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
