本剧改编自清水玲子所著同名漫画，以科学警察研究所的法医第九研究室，通称“第九”为舞台，利用特殊的MRI技术再现死者的生前记忆。拥有罕见容貌、惊人记忆力和敏锐洞察力的薪刚（板垣李光人 饰），是第九的创始成员兼室长。由于某个事件，既是好友又是同事的铃木克洋（中岛裕翔 饰）去世了，在薪的面前，被分配到了一模一样的新人搜查员青木一行（中岛裕翔 饰）。两人看到了死者直到临终都隐藏着的“想法”和“秘密”，虽然心中抱有罪恶感和纠葛，但仍为解决难案而奋斗，成为无可替代的搭档。
该剧故事始于1983年，内向的大学生染井苍在一家唱片店遇见了夏野凪，并被带到了凪的家中。在凪的积极追求下，他们很快坠入爱河，但就在即将结合之际，突如其来的雷击夺去了他们的生命。随后，故事的时代背景转到1999年，两人转生为高中生。接着到2025年……这是一部跨越三个时代的BL×转生故事。
发生了警察被夺走自己的枪，后脑勺中弹死亡的事件。浅轮直树（井之原快彦饰）等特别搜查班开始展开搜查。逮捕了有前科的男子后，发生了第二起杀人事件。小宫山志保（羽田美智子饰）等人前往事件现场的餐厅，被杀害的是该店的厨师。得到了戴面具的男人的目击信息，不久，一名员工被拘留。然而，第三起事件又发生了。下一个被害者是从事黑钱行业的男子，作案手法和使用的手枪与第一、二起案件相同。监控摄像头拍到了那个戴面具的男人。直树灵光一闪，再次来到事件现场寻找线索。第四起事件终于发生了。
出生于音乐名门的东雪彦（风间杜夫 饰）和女佣野川（市毛良枝 饰）私奔，两人之后有了爱情的结晶小雪（小泉今日子 饰）。然而没过多久，东雪彦和野川就先后去世，沦为孤儿的小雪拿着母亲留下的地址孤身一人前往东京，投奔爷爷。 在音乐学院里，小雪偶然邂逅了名为大津（辰巳琢郎 饰）的男子，虽然大津对小雪并没有什么好印象，但小雪却深深的喜欢上了这个优雅专注的男人。小雪在爷爷家的境遇十分糟糕，爷爷不愿意接受小雪体内流淌的野川的血液，而小雪的姑姑更是因为小雪有可能继承家族财产而对她处处提防。爷爷告诉小雪，如果她能够获得钢琴比赛的冠军，便承认她是家族成员，为此，小雪开始了不懈的努力。
异次元人亚波妄想侵占地球，炮制了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时，在惨遭破坏的大街上，有二位把自己生命置之度外的青年，他们是面包房的驾驶员北斗星司和护士小姐南夕子。二人竭尽全力救援遇难的人们，但终于精疲力尽倒在瓦砾中……救了他俩的是艾斯·奥特曼。艾斯把自己的生命溶入了二人的体中。
发现了27年前案件矛盾处的麻衣，在电视台驳回她的企划后，由上司长谷川牵线，认识了实力记者三上，两人联手，拨开层层迷雾，追查27年前的真相...
在繁华都市的某个角落，居住着真野家的废柴三兄弟：金一（六角精儿 饰）、银二（今野浩喜 饰）、铜三（波冈一喜 饰）。三人没有一技之长，性格别扭，自然而然也找不到正经工作，天天混吃等死，看不到一点儿朝气。特别是老大金一，还背着弟弟们签下了高达两千万的欠款，真是没有希望的一家人。而就是这么一个废柴三人组，居然天降鸿运到他们的脑袋上。原来长达二十年断绝联系的父亲新近去世，身后留下的一亿日元遗产自然而然传给了三兄弟。 他们辗转来到父亲经营的咖啡店，思考着过去，畅想着未来……
正在找工作的豪德寺优（高桥优斗饰）是一个凡事都容易后悔的大三学生。在求职31连败的那天，他遇到了小学时代的好朋友一桥初（井上瑞稀饰）。“我们要不要让这条街变干净？队名是cleaners！”结果优被初劝说，半强迫地加入神秘队伍。被带到初打工的那家清洁公司。在那里的有总是注意刘海的榎本二郎（桥本凉饰）、摆出动作明星造型的四村悠人（猪狩苍弥饰），还有小混混模样的三津豆亮（作间龙斗饰）。5人第一次聚在一起的这一天，cleaners为了肃清街上的邪恶，开始了“黑暗的清扫”。
《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。
