在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战斗。
魔法使一族的野心使他们为了获取更强的力量，促使他们唤醒了不该唤醒的东西，世界的毁灭近在眼前。只有最强的魔法使公主锁部叶风（泽城美雪 配音）才能阻止这一切的发生，但被部下锁部左门（小山力也 配音）暗算的叶风被困在了施了结界的无人岛上。高中二年级学生泷川吉野（内山昂辉 配音）的好友不破真广（丰永利行 配音）的妹妹不破爱花（花泽香菜 配音）被入室抢劫犯所杀，但是真广却认为妹妹的死疑点重重。为了调查妹妹的死因，真广通过海上的漂流人偶和锁部叶风达成秘密交易。真广在失踪一个月后，在大雪的冬日伴随着漫天的蝴蝶突然从天而降。与此同时，可怕的“黑铁病”在整个日本蔓延开来。真广到底和魔法使公主结下了什么样的契约，而他到底带着怎样的使命来到这个世界？
空（松冈祯丞 配音）和白（茅野爱衣）是网络世界里人尽皆知的传奇人物，两人在虚拟的战斗中所向披靡，甚至被称为传说一般的存在。然而，在现实世界中，兄妹两人却是连家门都不敢出的“御宅族”，患有严重的人群恐惧症。
三年前的那场事故 使得凉宫遥以及鸣海孝之的人生发生了巨大的变化。
在東京出現了一些可以實現人類願望，甚至復製人類思想的神殿石柱。据說這些石柱，本來已一萬多年沉沒於海底，今次再現，原來又是外星人策動的計劃。他們把人類的思想複製到石柱去，然後再把思想轉為訊號，利用這些訊號操控機械巨獸，於是地球的 存亡與否，便決定於人類本身思想的好與壞了。一位少女不滿父親無惡不作的所為，於是向石柱許願，把父親邪惡的思想吸掉，結果，喚醒了巨獸邪惡的慾念 ，在地球到處破壞……七星俠為了拯救人類，又要和外星人周旋到底了。
