在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战斗。
故事发生在圣夜学园之中，日奈森亚梦（伊藤加奈惠 配音）是就读于五年级的女生，外表看来，她沉默寡言特立独行，可实际上，那不过是亚梦害羞的表现罢了，在内心里，她亦希望能够和同学们打成一片，和睦相处。一次偶然之中，亚梦得到了心灵之蛋，从蛋中孵出的守护甜心，即是她理想中的自己。 拥有了守护甜心，亚梦被邀请进入了校园里名为“守护者”的组织之中，亚梦得知，守护者们正在寻找一颗名为守护胚的魔法蛋，只要拥有了这枚魔法蛋，便能实现任何愿望。同样在寻找着守护胚的还有名为EASTER的神秘集团，他们不择手段的依靠腐化他人的心灵来达到自己的目的。
雏见泽是一处坐落在群山环绕之间的僻静村庄，淳朴的民风使得这个古老的村庄一直以来都保留着祖先时代的祭祀习俗，称为绵流。昭和58年的一个夏天，这个村庄迎来了一个新的居民：少年前原圭一（保志总一朗 配音）。新的环境让圭一有些不太能适应，但在结识了温柔的龙宫礼奈（中原麻衣 配音），活泼的园崎魅音（雪野五月 配音），外表孱弱却内心坚强的北条沙都子（金井美香 配音）和古手梨花（田村由里香 配音）后，新的生活很快便如火如荼的展开了。 随着时间的推移，一年一度的绵流祭奠即将开始，然而在此热闹之际，圭一却听闻了一些雏见泽不为人知的过去，以及历年来绵流祭奠所带来的，一人失踪一人死亡的被称为“神隐”的恐怖事件。这些传闻是虚是实？过往单纯快乐的生活是真是假？作为一名“外来者”，前原圭一出人意料的逐渐接近了某个重大事件的真相。
