工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
这是一个女王统治一个宇宙的世界…… 这里是宇宙的中心，是女王居住的“圣地” 据说在女王的身边有着9位被称为了“守护圣”的神一般的男性侍奉女王。 本故事中登场的是两个宇宙…… 在女王和“守护圣”守护下的——成熟，富饶而和平的“神鸟之宇宙”。 还有刚刚才诞生的“圣兽的宇宙”，在那里还没有守护圣，单单只靠王女守护着。 然而现在，危机正在步步逼近“圣兽之宇宙”…… 17岁的少女安琪莉可，突然被选中成为拯救宇宙的“传说中的大英雄”。 对平时总会一个人发呆，认为自己什么也做不好的安琪莉可来说， 即将出现在她面前的圣地和“守护圣”等等都太过于耀眼了。 在这么巨大的使命面前，安琪莉可犹豫不决…… 在9位“守护圣”的支持下，安琪莉可寻找新自我的旅程开始了……
校园女神鹰峰和一点都不起眼的白田虽然从小同校，但从来没有什么交流可言。某日，白田在阴错阳差下目睹了鹰峰的更衣现场，更进一步发现她竟然拥有透过脱下内裤来穿越时空改变因果的超能力！而为了让自己能够随心所欲的使用这个能力，被鹰峰使诈陷害的白田逼不得已，只能选择成为她的衣柜！
