工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
东京都中央区月岛。从江户时代开始至今已有400多年历史的“高耳神社”。被祭祀的神明，是从异世界召唤来的、完全家里蹲的精灵爱尔达。侍奉神明爱尔达的，是高耳神社的第15代巫女，小金井小糸。虽然小糸被享受现代文明和御宅族文化的爱尔达折腾得团团转，但爱尔达告诉小糸的江户文化也让她怦然心动、月岛的人们和小糸之间连绵不断的联系也让爱尔达感到自豪。但这个精灵，还是太懒散了！而且还出现了其他神社的巫女&精灵组合！？连接江户与令和的下町喜剧，开始了！
故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少年的相遇，梦想就此交织，宇宙世纪开启了新的未来......
高中生金田一可以说是全日本最白痴的高中生之一，上课老在睡觉，作业从来都是抄和他青梅竹马一起长大的美雪的，什么事情都由美雪帮他扛着。然而，阿一平凡普通的外表下却隐藏着一颗可能世界上最严密精细的头脑。他的爷爷金田一耕助是日本最有名的侦探之一，阿一遗传了爷爷的优秀基因，无论多 么高明的犯罪手法、多么狡诈的罪犯，在他面前都无所遁形！这一系列里，阿一和美雪将会遇到校园七不思议杀人事件、怪盗绅士杀人事件等一系列的恐怖杀人事件，阿一到底怎么拨开一宗宗看似毫无头绪的杀人案的迷雾？
