新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来,人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员,与研究所员齐心协力,面对强大的敌人!究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身!SHINKALION!
东京都中央区月岛。从江户时代开始至今已有400多年历史的“高耳神社”。被祭祀的神明,是从异世界召唤来的、完全家里蹲的精灵爱尔达。侍奉神明爱尔达的,是高耳神社的第15代巫女,小金井小糸。虽然小糸被享受现代文明和御宅族文化的爱尔达折腾得团团转,但爱尔达告诉小糸的江户文化也让她怦然心动、月岛的人们和小糸之间连绵不断的联系也让爱尔达感到自豪。但这个精灵,还是太懒散了!而且还出现了其他神社的巫女&精灵组合!?连接江户与令和的下町喜剧,开始了!