高中二年级的春天,雨宫莲转学至东京的“秀尽学园”。以某个事件为契机觉醒为“PERSONA”使者的莲,与新认识的伙伴们一同组成“心之怪盗团”。把沾满邪恶欲望的大人们的“扭曲欲望”给偷走,让其改过自新。另一方面,在城市中陆续发生了不可思议的精神暴走事件……以大都会“东京”为舞台,作为高中生过着日常生活的同时,放学后作为“心之怪盗团”活跃——。壮大的歹徒传奇就此拉开序幕!
城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛,遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时,光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内,力失控,Eyes准备向力发动攻击,武藏决要阻止,危急中,超人高斯终于回来。
2016年,由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者,决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。
一晃眼,上一次的“黄昏事件”已经过去四年了,风平浪静许久的The World中再度发生了似曾相识的神秘事件。秀悟(皆川纯子 配音)想都没想就进入了游戏之中,而玲奈(中原麻衣 配音)亦尾随其后,一同和他们进入游戏的,还有米蕾尤(松冈由贵 配音)。 不了解这个世界的规则的秀悟很快就吃了瘪,在他和玲奈的面前,竟然出现了罕见的强大怪物铠战将军,而秀悟更是因此game over,就在秀悟弥留之际,一个神秘少女出现在了他的眼前,用一个吻使得秀悟死而复生,复生后的秀悟成为了黄金腕轮的继承者。随着时间的推移,众人发现游戏中的世界似乎遭到了某种侵蚀和破坏,黑暗里,一个阴谋正在缓慢酝酿之中。
2070年,东京上空突然出现了貌似侵略兵器的巨大物体,一时间,日本突然停电,闹得鸡飞狗跳。正当人类陷入困境的时候,不知从哪里又冒出一个与“侵略兵器”大小相仿的大家伙,一番对打之后,危机竟化解于无形。次日,面对新闻界的质疑,日本政府慢条斯理的回答:“啊,那个外星人啊,有的啊。”于是全日本顿时炸了锅,神奈川县天网市的御统中学也未能免了俗,就在大家兴奋不已的这一天,转来了一位名叫“统原无量”的转校生。关于天网市,不,关于地球乃至宇宙的一切秘密就从这一天开始……