城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛,遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时,光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内,力失控,Eyes准备向力发动攻击,武藏决要阻止,危急中,超人高斯终于回来。
新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来,人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员,与研究所员齐心协力,面对强大的敌人!究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身!SHINKALION!