许乐（贾晓龙饰）一家在20年前遭遇了一场天灾，父母遇难，许乐也从此丧失了儿时的记忆，而曾经的遭遇却成了伴随许乐成长的噩梦。为了寻回记忆，许乐与令狐（郑希怡饰）来到小时候父母遇难的黄石岛一探究竟。不料当年救自己的陈伯（许绍雄饰）闭口不谈，而唯一愿意告诉真想的王汉明（王汉明 饰）却离奇死亡。当许乐与令狐找到当年另外一位当事人周浩成（李国麟饰）时，周浩成也陷入生命危急......
警队的“绝密档案”，是指至今仍未侦破，科学查证又不能合理解释的悬疑案件。阳任职警察部专案小组十多年，对这些谜题甚感兴趣，奈何职权所限，遂决定与好友Judy请辞警队并成立天眼研究所。成立第一天，一位神秘人物出现，提供经费并留下Helen的失踪档案。经调查后，二人发现Helen与失落文明玛雅文化有关，考古学家推论这文明乃外星人所建立，更与末日预言扯上关系
一阵急促的手机铃声吵醒了报社实习记者应佳，电话是应佳的采访对象、十六岁的女中学生李小小打来的，她惊恐地告诉应佳她被人绑架了，而前一天晚上，离家出走，整天泡在网吧里的李小小和同伴圆圆刚刚假装被网吧老板打伤无钱治疗骗走了应佳四百多块钱。应佳以为这又是恶作剧，但听到电话里李小小恐慌的哭诉，动了恻隐之心，她抱着将信将疑的态度，根据李小小提供的线索，来到圆圆家察看，果然发现圆圆被几个小伙子从车上推下来，摔得昏迷不醒。短暂的慌乱后，应佳将消息反馈给报社快速反应新闻中心，于是在报社记者的全力配合下，根据李小小提供的支离破碎的线索，竭尽全力地查证李小小的确切下落。最后协助警方，成功地救出了奄奄一息的李小小。
