《共振器：米斯卡托尼克大学》的故事背景设定在马萨诸塞州阿卡姆市虚构的大学校园“米斯卡托尼克大学”，在洛夫克拉夫特的小说中，这里曾发生过各种奇异而超凡脱俗的事件。故事讲述了六名才华横溢的学生，其中一人克劳福德·蒂林哈斯特制造了一台名为“共振器”的机器后，他们如何应对生活。这台机器可以让人体验多重维度，并操控其中潜伏的邪恶野兽。然而，当蒂林哈斯特意识到自己制造的机器原型不仅将凶残致命的生物释放到他的世界，还影响了他自身的现实时，事情变得复杂起来。
兄弟姐妹咪咪和卢克不知不觉中复活了一个古老的外星霸主。他们使用魔法护身符，迫使怪物服从幼稚的异想天开，并意外地将流氓银河系刺客画廊吸引到小镇郊区
某一天世上突然出现了未知的宝蓝色球状生命体，给人类带来了伤害，中大型的球体可以伤人，小型球体会攻击人，在危机事态下，全国的高中生都接受军事训练，被编制成军人预备军，开始在全国各个地区拿枪战斗，预备军人的任务是防御和摧毁部署在前线向市中心移动的小型球体。主要是一部讲述高中生变成军人开始拿枪战斗的故事。
平行空间管理机构的高级沟通者林江，为了拯救同为沟通者但身患绝症的爱人来到另一个平行空间，想获取该空间中小夏（这个空间中的冯夕）的器官为冯夕做移植。守护该平行空间的沟通者隐士陈安，乔装改扮，来查明林江非法闯入的目的。 罗杰带人来该空间支援，与林江谈话中告知要毁灭底层空间去往高层空间的计划，二人反目，激战中林江受伤逃走，林江找到冯夕和陈安将罗杰的计划告知，陈安深知事情不是自己所能处理的。于是联系其它空间的隐士前来一起处理这件事。罗杰找到陈安等人的藏身处，将众隐士及林江击伤。危难时冯夕用自己做人质救下了大家，罗杰带冯夕离去...
