神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
那一年，全球异变，游戏降临现实，魔灾开始肆虐。为了抵抗这一切，每一个人都规划职业选项，疯狂升级，争取变强。有人选择了高贵的法爷，有人选择召唤师，旗下召唤物层出不穷，围殴死敌人。令人大跌眼镜的是，被寄以厚望的云辰却选择不转职，当一个无职散人！
木足英一（藤田淑子 音）是一个运动神经超级没有兴旺但头脑极为灵光的驲本小师长先生，他的祖先奇天烈斋曾是江户时期著名的收现家，死前著有《奇天烈年夜百科》，里里网络了他自己林林总总奇异的收现。英一继续了祖先热衷收现的基果，他有时找到那本著做，依照书中的说明制出了会语言的机械人可罗（小山茉好 音）。以武士自居的可罗喜悲吃可乐饼或薯饼，特性善良却爱哭鼻子。英一正在可罗战小同陪的资助下制出种种好玩、适用的讲具，给他们带去许多快乐……
