本作为原创动画，将描绘游戏原作的遥远未来。故事以「グランシード学院」为舞台，以新世代的学生ネモ和ファリア两人为中心，讲述与不知名的「英雄」定下了契约的少年ネモ，在一次讨伐边境时与「グランシード学院」的学生会会长ファリア相遇，进而展开的原创故事。
“发射一枚导弹需要花费多少？”“战斗人员的制服干洗费用是多少？”以现实的主题为观点，至今未闻的“经济上正确的”机器人英雄故事。 年轻的技术人员冲野铁郎，带着自己开发的新型机器人BULLBUSTER，被派往害兽驱除公司波止工业。 与由田岛担任社长的波止对峙的是被名为“巨兽”的神秘生物！ 此外，作为一个总是缺钱的小公司，波止总是受到经济问题的影响…… 机器人的燃料费、驾驶员的人工费，甚至一颗子弹的浪费都是不可接受的。 在消灭巨兽的“理想”和成本的“现实”的夹缝中，波止的未来会是怎样？
经过一番艰苦鏖战，救世主战部渡（瓦塔诺）终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团，创界山（左开山）再次回复原本的秀美景色。在此之后，渡回到人类世界，和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长，多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关的南斗七星星界山，七色彩虹失去色彩，黑暗重新笼罩大地。在这危急时刻，创界山的人民重新找回渡，请求他打败多坏达军团。渡从圣龙殿女王那里得到许多有用的道具，随后和龙神丸、忍部火美子（希米格）飞往星界山，与先行前往的剑部施巴拉古大师和古拿玛会合。激烈的正邪大战再一次拉开序幕…… 本片为《魔神英雄传》系列第二部。
城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛，遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时，光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内，力失控，Eyes准备向力发动攻击，武藏决要阻止，危急中，超人高斯终于回来。
青秋期综开征――听说中由没有稳固的肉体状态引收的巧妙征象。曾于下中时期重遇过各种青秋期综开征少女的"梓川咲太"也已成为巨匠长先生。做为国平易远级人气女演员的情人"樱岛麻衣"一同考进金泽八景某年夜教的他，正在校园里收现了一位没有应时令的迷您裙圣诞少女。吃了一惊。"您居然能瞥睹我啊"似曾相识的台词。
