这是一个女王统治一个宇宙的世界…… 这里是宇宙的中心,是女王居住的“圣地” 据说在女王的身边有着9位被称为了“守护圣”的神一般的男性侍奉女王。 本故事中登场的是两个宇宙…… 在女王和“守护圣”守护下的——成熟,富饶而和平的“神鸟之宇宙”。 还有刚刚才诞生的“圣兽的宇宙”,在那里还没有守护圣,单单只靠王女守护着。 然而现在,危机正在步步逼近“圣兽之宇宙”…… 17岁的少女安琪莉可,突然被选中成为拯救宇宙的“传说中的大英雄”。 对平时总会一个人发呆,认为自己什么也做不好的安琪莉可来说, 即将出现在她面前的圣地和“守护圣”等等都太过于耀眼了。 在这么巨大的使命面前,安琪莉可犹豫不决…… 在9位“守护圣”的支持下,安琪莉可寻找新自我的旅程开始了……
高中二年级的春天,雨宫莲转学至东京的“秀尽学园”。以某个事件为契机觉醒为“PERSONA”使者的莲,与新认识的伙伴们一同组成“心之怪盗团”。把沾满邪恶欲望的大人们的“扭曲欲望”给偷走,让其改过自新。另一方面,在城市中陆续发生了不可思议的精神暴走事件……以大都会“东京”为舞台,作为高中生过着日常生活的同时,放学后作为“心之怪盗团”活跃——。壮大的歹徒传奇就此拉开序幕!