二海堂昶（小野大辅 配音）是个性格孤僻不爱上学的不良少年，在一次逃学的路上，昶遇见了一位行事神秘的黑衣男子。男子名叫白银（诹访部顺一 配音），他告诉昶，自己和昶有着不可分割的羁绊，并和昶约定晚上十时在校舍见面。昶并不将此当做一回事，但令他没有想到的是，通过这次见面，一个光与影的新世界展开在了昶的面前。 在校舍，昶遭到了神秘怪物的袭击，虽被白银所救，但昶却永远的失去了自己的影子。为了保持自己的存在感，昶与白银签订了契约，白银成为了昶暂时的影子。之后，被成为“黑魑”的怪物不断的骚扰着两人，而昶也被卷入了一场影子的争夺战之中。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
