神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
蕾米（堀江美都子 配音）出生于一个贫穷的家庭之中，虽然日子过得艰苦，但是母亲安妮和妹妹娜娜一直陪伴在她的左右，这样相依为命的生活令蕾米感到非常的温暖。一天，噩耗传来，蕾米远在巴黎工作的父亲身受重伤，要返乡养伤，这也就意味着，蕾米一家人将要失去他们唯一的经济来源。 杰罗姆偷偷的告诉蕾米，其实她是自己捡来的孩子，这让蕾米感到无法接受。之后，杰罗姆将蕾米带到了当初捡到她的地方，没给了名叫波里内赫的男人。幸运的是，没过多久，蕾米就遇见了善良的波里内赫维达利斯爷爷（山野史人 配音），维达利斯爷爷是剧团团长，也曾是非常有名的音乐家，跟随着维达利斯爷爷，蕾米开始了她的流浪之旅。
