在第2季中，将会有新的敌人出现在主角大门界人的面前，故事将继续围绕“Orphism Order”和“Phi Brain”之谜展开，并且随着这些谜题的越发悬疑，界人的战斗热情也越发高涨。将会有怎样的命运等待着界人，界人与同伴间的羁绊又会如何呢？相信这一切都将会在第2季中得到解答。
东京都中央区月岛。从江户时代开始至今已有400多年历史的“高耳神社”。被祭祀的神明，是从异世界召唤来的、完全家里蹲的精灵爱尔达。侍奉神明爱尔达的，是高耳神社的第15代巫女，小金井小糸。虽然小糸被享受现代文明和御宅族文化的爱尔达折腾得团团转，但爱尔达告诉小糸的江户文化也让她怦然心动、月岛的人们和小糸之间连绵不断的联系也让爱尔达感到自豪。但这个精灵，还是太懒散了！而且还出现了其他神社的巫女&精灵组合！？连接江户与令和的下町喜剧，开始了！
很久以前，无人居住的山里建立有人类最新的研究中心 某日，研究用的main computer突然拥有自己的意识而暴走，人类费尽千辛万苦阻止了暴走，取回了和平……看起来是这样的 回到和平生活的人们，为了预防敌人再次暴走袭来，而准备了巨大萝卜，并选出战士们进行训练，某日，这一天终于来临了 站在袭来的敌人们面前的队伍，就是特命战队Go Buster！！ 他们的战斗，现在开始！
