工藤新一是全国著名的高中生侦探,在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现,击晕后喂了神奇的药水,工藤新一变回了小孩!新一找到了经常帮助他的阿笠博士,博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复,新一决定隐姓埋名,暗中追查他们,希望能得到解药。一日,新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落,被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南,随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探,新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生,他们一起组织了一个少年侦探团,向罪犯宣战!
高中二年级的春天,雨宫莲转学至东京的“秀尽学园”。以某个事件为契机觉醒为“PERSONA”使者的莲,与新认识的伙伴们一同组成“心之怪盗团”。把沾满邪恶欲望的大人们的“扭曲欲望”给偷走,让其改过自新。另一方面,在城市中陆续发生了不可思议的精神暴走事件……以大都会“东京”为舞台,作为高中生过着日常生活的同时,放学后作为“心之怪盗团”活跃——。壮大的歹徒传奇就此拉开序幕!