经＂能量增强装置＂的光线射中，力量便会异于常人。Skyforce长官天堂龙选出四名成员接受实验途中受到次元战团＂拜拉武＂的袭击，爆炸使装置上的光线射向地球误中四位地球人。于是天堂龙即刻前往地球寻找他们并组成＂鸟人战队＂对抗敌人。此作首创战士能飞翔的先例。
这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。 由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了…… 被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了…… 最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。
位于日本北海道某市的区役所，福祉事务课迎来了三名新人。为了报复不负责任给其申报了超长名字的公务员而进入政府部门的天然呆女孩山神（茅野爱衣 配音）、外表冷漠却温柔贤惠善于倾听以至于成为滔滔不绝的阿婆们倾诉对象的三好沙耶（中原麻衣 配音），以及系出公务员世家全才自信八面玲珑的超阳光青年长谷部丰（铃木达央 配音）。在从业八年但极度缺乏依靠感和存在感的前辈一宫大志的指导下，三人展开全新的职场生活。这里有非常热衷Cosplay宁愿以临时职员身份就职的前辈千早惠（丰崎爱生 配音），过度依恋哥哥经常来区役所刁难捣乱的一宫塔子（大久保瑠美 配音），更有内向到不露真身而依靠玩偶兔子指导工作的课长百井兼蔵（小山力也 配音）。看似枯燥的区役所，性格各异的人们让这里乐趣多多……本片根据高津カリノ创作的四格漫画改编。
在遥远的十二号行星阿莫伊上，存在着一个扭曲的社会。这个社会由巨型电脑朱庇特所掌控。为了净化基因，人类被放逐了，一般的生育方式被彻底抛弃，朱庇特通过直接操控基因的方式，制造出了一大群更加完美的生物体，他们美丽，强壮，聪明，但冷酷无情、野心勃勃。这群所谓的“超人类”成为了普 通人类的统治者，他们通过发色来区分等级，其中，黑发和金发，分别处于等级的最底层和最高层。
“强殖装甲”是数万年以前降临地球的外星人留下的超生体兵器，平凡的高中生深町晶偶然间得到卡巴，他的同校学长卷岛颚人则得到了另一套。因此成为了秘密组织克诺斯狙击的对象。此后，二人将要面对神秘组织克诺斯所派出兽化兵的追杀。渐渐的，关系到人类起源与未来的秘密变得清晰起来……
