城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛,遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时,光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内,力失控,Eyes准备向力发动攻击,武藏决要阻止,危急中,超人高斯终于回来。
一晃眼,上一次的“黄昏事件”已经过去四年了,风平浪静许久的The World中再度发生了似曾相识的神秘事件。秀悟(皆川纯子 配音)想都没想就进入了游戏之中,而玲奈(中原麻衣 配音)亦尾随其后,一同和他们进入游戏的,还有米蕾尤(松冈由贵 配音)。 不了解这个世界的规则的秀悟很快就吃了瘪,在他和玲奈的面前,竟然出现了罕见的强大怪物铠战将军,而秀悟更是因此game over,就在秀悟弥留之际,一个神秘少女出现在了他的眼前,用一个吻使得秀悟死而复生,复生后的秀悟成为了黄金腕轮的继承者。随着时间的推移,众人发现游戏中的世界似乎遭到了某种侵蚀和破坏,黑暗里,一个阴谋正在缓慢酝酿之中。
自从中东乌拉圭的遗迹调查设施天国之门的大爆炸,或是说xx(Twin x)以后已经過了十几年。Twin x可以说是历史上最大的灾难。在那以后的世界,因为天空被封闭的镜“Sheltering Sky”所覆蓋,地磁场变得异常,以电脑为主的电子仪器全都不能使用,人类回到了以前的时代的生活。 被认定为Twin xx的主犯的圆輝道博士的子女——龙也和紀世子承受着世间的嘲讽,同时,又肩负着母亲死后遗留下來的庞大的债务,过着逃避债主的生活。 直到一个下雨天,二个人在街上的西式建築碰到了三个青年,命运的軸轮终于开始转动,将他們带向不可知的未來…… Twin xx爆发真正的原因是什么?天国之门又是什么? 圆博士和GILGAMESH,露加和伯爵夫人的真意是什么? 各种各样的迷团冒出來,关系着世界命运的战斗,被操纵,究竟会去向何方?