城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛，遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时，光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内，力失控，Eyes准备向力发动攻击，武藏决要阻止，危急中，超人高斯终于回来。
一晃眼，上一次的“黄昏事件”已经过去四年了，风平浪静许久的The World中再度发生了似曾相识的神秘事件。秀悟（皆川纯子 配音）想都没想就进入了游戏之中，而玲奈（中原麻衣 配音）亦尾随其后，一同和他们进入游戏的，还有米蕾尤（松冈由贵 配音）。 不了解这个世界的规则的秀悟很快就吃了瘪，在他和玲奈的面前，竟然出现了罕见的强大怪物铠战将军，而秀悟更是因此game over，就在秀悟弥留之际，一个神秘少女出现在了他的眼前，用一个吻使得秀悟死而复生，复生后的秀悟成为了黄金腕轮的继承者。随着时间的推移，众人发现游戏中的世界似乎遭到了某种侵蚀和破坏，黑暗里，一个阴谋正在缓慢酝酿之中。
自从中东乌拉圭的遗迹调查设施天国之门的大爆炸，或是说xx(Twin x)以后已经過了十几年。Twin x可以说是历史上最大的灾难。在那以后的世界，因为天空被封闭的镜“Sheltering Sky”所覆蓋，地磁场变得异常，以电脑为主的电子仪器全都不能使用，人类回到了以前的时代的生活。 被认定为Twin xx的主犯的圆輝道博士的子女——龙也和紀世子承受着世间的嘲讽，同时，又肩负着母亲死后遗留下來的庞大的债务，过着逃避债主的生活。 直到一个下雨天，二个人在街上的西式建築碰到了三个青年，命运的軸轮终于开始转动，将他們带向不可知的未來…… Twin xx爆发真正的原因是什么？天国之门又是什么？ 圆博士和GILGAMESH，露加和伯爵夫人的真意是什么？ 各种各样的迷团冒出來，关系着世界命运的战斗，被操纵，究竟会去向何方？
